Однако открыть её не удалось, т.к. оттуда вырвалось пламя и опалило посланных епископом слуг. В 1187 г. Лидду захватил Салах-ад-Дин, который в 1191 г. велел уничтожить церковь, но, как полагают исследователи, она не была разрушена целиком, а лишь серьёзно повреждена. Камни от готического собора были использованы в 1273 г. при строительстве моста в нескольких километрах к северу от Лидды. Церковь была восстановлена английским королём Ричардом I Львиное Сердце. Из описаний путешественников Людольфа Зудгейма (1336 г.) и Николая из Поджибонси (1346 г.) исследователи сделали вывод, что в это время церковь находилась в хорошем состоянии. Исследователям известно, что византийский император Иоанн VI Кантакузин выделял деньги на реставрацию храмов на Святой земле. Николай из Поджибонси сообщает, что церковь была украшена фресками, а Людольф Зудгейм упоминает также мозаики и мраморную облицовку. Паломники XIV в. говорят о хранившемся в храме камне, на котором была усечена глава великомученика Георгия. В 1442 г., при египетском султане Захире Сейф-ад-Дине Чакмаке, вспыхнуло гонение на христиан, и церковь великомученика Георгия Победоносца была разрушена. В 1480 гг. доминиканец Феликс Фабер описал развалины готического собора, упомянув построенную рядом с ним мечеть. В 1517 г. в храме, от которого уцелела алтарная часть и крипта, было возобновлено православное богослужение. Во время землетрясения 1837 г. обрушились свод храма и северная апсида. церковь великомученика Георгия Победоносца простояла в руинах до 1870 г., когда после спора между греками и францисканцами святыня была признана греческим владением. В 1871 г. Иерусалимский патриарх Кирилл II обратился с воззванием к российским кавалерам ордена святого Георгия с просьбой о пожертвованиях на восстановление церкви великомученика Георгия Победоносца. По высочайшему повелению императора Александра II из сумм капитула ордена было отпущено 3 тыс. руб. На средства, выделенные российским правительством, была возведена новая церковь, освящённая 3 ноября 1872 г. Она включила в свой состав центральную и северную апсиды храма XII в. В основании северной апсиды лежит византийская кладка. На месте южных апсиды и нефа разбит принадлежащий мусульманам сад. От постройки крестоносцев сохранились также первая арка южной колоннады и базы колонн северной колоннады центрального нефа, третья пилястра южного нефа и фрагменты четырёх пилястр северного нефа. Крипта с гробницей (мраморным кенотафом) великомученика Георгия расположена в восточной части храма, туда из центрального нефа ведут две лестницы. В храме возле одной из колонн находится цепь, которой был скован великомученик. В алтаре хранится ковчег с частью мощей великомученика Георгия. Строения современного греческого монастыря находятся напротив храма, через дорогу.