О существовании монастыря при церкви великомученика Георгия Победоносца сообщают паломники Епифаний Монах (первая половина IX в.) и Бернард Монах (около 870 г.). Епифаний Монах также упоминает о хранящихся в алтаре реликвиях: колесе, на котором пытали великомученика, и мраморном столпе, от которого происходили чудеса. Несмотря на почитание великомученика Георгия мусульманами, в 1010 г. церковь в Лидде была разрушена по приказу халифа аль-Хакима. Храм был восстановлен византийским императором Константином IX Мономахом. Исследователи полагают, что работы были начаты ещё раньше, при императоре Константине VIII. Сохранилось свидетельство, что в восстановлении храма принимал участие венгерский король Стефан (Иштван) I (1001–1038 гг.). Разрушительные землетрясения в этом регионе произошли в 1033 и в 1067/1068 гг. В 1071 г. Лидда была захвачена турками-сельджуками. Однако в 1090 гг. некое церковное здание существовало в Лидде, что следует из упоминания в «Истории Александрийских патриархов» Севира ибн аль-Мукаффы о том, что мощи великомученика находились под главным алтарём церкви. Перед тем как Лидду заняли крестоносцы (3 июня 1099 г.), церковь великомученика Георгия Победоносца была разрушена мусульманами, которые, по словам Вильгельма Тирского, боялись, что её огромные балки будут использованы для сооружения катапульт и другой осадной техники во время штурма Иерусалима. Его свидетельство оспаривается современными исследователями, однако так или иначе крестоносцы обнаружили церковь разрушенной или полуразрушенной. Латинским епископом Лидды и Рамлы был поставлен Роберт Руанский, но греческое духовенство продолжало служить в церкви великомученика Георгия Победоносца на протяжении всего периода её существования. В XII в. крестоносцы восстановили церковь, однако точная дата постройки исследователям неизвестна. Это произошло раньше 1177 г., наиболее вероятно, между 1150 и 1170 гг. Рядом находилась укреплённая резиденция епископа. Трёхнефная готическая базилика с трансептом примерно совпадала по размерам с византийской базиликой. Она была сложена из блоков жёлто-коричневого известнякового туфа, капители колонн были изготовлены из белого с серыми прожилками мрамора, их базы – из белого мрамора. Согласно описанию церкви великомученика Георгия Победоносца паломника Иоанна Фоки (1185 г.), верхняя плита гробницы великомученика Георгия находилась в алтаре под святым престолом. Он рассказывает, что когда латинский епископ решил поднять плиту, то обнаружил под ней вход в пещеру с подлинной гробницей великомученика Георгия.