Вскоре после заключения старообрядческий архиерей подал прошение о помиловании, оставленное без последствий. Из донесений архимандрита Спасо-Евфимиева монастыря Илариона исследователям известно, что Геннадий высоко ставил свою принадлежность к старообрядчеству, епископский сан считал законным, читал книги догматического и духовного содержания, нрава был кроткого. В 1869 г. он дважды подавал прошения: об освобождении из заключения, в чём ему было отказано, и о присоединении к единоверию. В конце того же года Геннадий вместе с другим узником Спасо-Евфимиева монастыря старообрядческим епископом Кононом (Смирновым (Дураковым)) по приглашению архимандрита Павла (Прусского) посетил Никольский единоверческий монастырь. Старообрядческие архиереи также побывали в Синодальной (Патриаршей) библиотеке и ризнице, в кремлёвских соборах, ознакомились с Хлудовской библиотекой. В апреле 1870 г. вышло Высочайшее повеление «об освобождении епископа Геннадия из арестантского отделения Спасо-Евфимиева монастыря для присоединения его к единоверию в московском единоверческом монастыре, с оставлением в оном на жительстве в иноческом образе». Однако, оказавшись в Никольском монастыре, Геннадий соглашался присоединиться к единоверию в епископском сане. Для властей это было неприемлемо, и в начале ноября он был возвращён в суздальскую монастырскую тюрьму. 9 сентября 1881 г. Геннадий вместе с другими старообрядческими архиереями (Кононом и Аркадием (Дорофеевым)) был освобождён из Спасо-Евфимиева монастыря. К концу заключения, как явствует из письма графу Павлу Павловичу Шувалову старообрядцев, ходатайствовавших об освобождении своих епископов, Геннадий находился «в душевно-болезненном состоянии или был близок к этому печальному положению». Тем не менее, он смог присоединиться к обещанию, данному узниками, «по христианскому закону повиноваться Его Величеству до конца живота» (Российская государственная библиотека). Местом жительства Геннадию после освобождения была назначена Казань, откуда он вскоре перебрался в Харьков. Здесь его активность не понравилась местным властям, и они в 1884 г. ходатайствовали о высылке старообрядческого епископа в город Виндаву Курляндской губернии (ныне Вентспилс, Латвия). Вскоре стало известно, что Геннадий отправился в Хвалынск, затем в Златоуст в Уфимской губернии, вследствие чего Синод поставил вопрос о его возвращении в Спасо-Евфимиев монастырь. Однако к этому времени Геннадий перебрался в старообрядческий Тисский монастырь в честь Рожества Иоанна Предотечи в Румынии, где впоследствии скончался.