Полиция упорно занималась поисками Геннадия, и в 1859 г. он был арестован в Юго-Кнауфском заводе (Осинский уезд Пермской губернии) под именем И. Старцева, заключён в кунгурскую тюрьму. Его единомышленникам удалось освободить Геннадия, поменяв на старообрядца С. Курдюкова. Преследование Геннадия полицией осложняло и без того весьма трудную в сфере отношений с властями жизнь старообрядцев. В связи с этим некоторые уральские последователи Белокриницкого согласия обратились в центр согласия на Рогожское кладбище со «словесной жалобой, что они весьма стеснены производимыми ежедневно розысками правительством епископа Геннадия, который по сему стеснительному обстоятельству давно уже не может производить свои епископские дела». Архиепископ Антоний (Шутов) и Браиловский епископ Онуфрий (Парусов) в июле 1862 г. вызвали Геннадия в Москву. Поскольку он не приехал и ничего о себе не сообщил, было решено пригласить его к митрополиту Кириллу (Тимофееву) в Белую Криницу, куда он также приехать не смог. 3 октября 1862 г. в Москве на Соборе, в котором участвовали управляющий российской старообрядческой иерархией епископ Онуфрий и епископы Афанасий (Кулибин) Саратовский, Пафнутий (Шикин) Казанский и Виталий (Мятлев) Уральский, по благословению митрополита Кирилла Белокриницкого было решено: «Епископу Геннадию Пермскою епархией не управлять и не в какие дела епархиальные отнюдь не входить, а кольми паче не поставлять, ни запрещать, и никого из христиан не отлучать. Церковные же вещи по описи церковному клиру сдать при посредстве старейшин христианского общества. Также и писменные иерархические дела передать клиру». Объявить Геннадию это постановление должны были пермские старообрядческие клирики иеромонах Саватий и священник Евгений. Епископ Пафнутий должен был отправиться в Пермскую епархию и «подробно исследовать с достоверными показаниями о епископе Геннадии Пермском». Ему разрешалось «избрать и поставить достойного во епископа из тамошнего духовенства» на Уфимскую епархию, и если «будет надобность, то и на Тобольскую». В ноябре того же года епископ Пафнутий побывал на Урале и поставил «двух епископов Саватия и Константина в Тагильский Завод». В Рогожском архиве сохранились письма из Екатеринбурга, написанные в ноябре 1862 г. как сторонниками, так и противниками Геннадия. Первые осуждали действия епископа Пафнутия и говорили о своей верности Геннадию. В письмах противников Пермского архиерея высказывались негативные оценки его деятельности (Российская государственная библиотека). В декабре 1862 г. Геннадий вновь был схвачен полицией в Екатеринбурге, в апреле следующего года появилось Высочайшее повеление о заключении его в тюрьму Евфимиева суздальского в честь Преображения Господня мужского монастыря «на увещание».