В 1058 г. Гумберт председательствовал на выборах нового аббата Монте-Кассино Дезидерия (впоследствии папа Виктор III). Не признав каноничности избрания Бенедикта X, Гумберт удалился в Беневенто и вернулся в Рим только после избрания Николая II, при котором исполнял функции библиотекаря Римской церкви. На Cоборе в Риме 1059 г., где обсуждалось учение Беренгара Турского о евхаристии, Гумберт от лица папы изложил основные положения Беренгара. Современники на Западе высоко оценивали деятельность Гумберта. Пётр Дамиани назвал его человеком «высочайшего авторитета». Спустя несколько лет после смерти Гумберта Ланфранк в сочинении «De corpore et sanguine Christi: Adversus Berengarium» («О Теле и Крови Христовой: Против Беренгара») восторженно писал об образованности, нравственном облике Гумберта, о чистоте его веры. Сочинения Гумберта исследователи делят на полемические против греков и посвящённые внутренним проблемам Западной церкви и борьбе за григорианскую реформу. Сочинение «Adversus Graecorum сalumnias» («Против клеветы греков») написано Гумбертом в Константинополе. Оно представляет собой последовательное опровержение послания Михаила I Кирулария и Льва Охридского, созданное по типу полемических сочинений Августина Блаженного. По форме – диалог между константинопольцем и римлянином, в качестве реплик константинопольца Гумберт даёт цитаты из послания Михаила I Кирулария и Льва Охридского, после чего приводит опровержение. Темы, затронутые в сочинении, традиционны для византийской полемики с латинянами: совершение евхаристии на опресноках, пост в субботу, отказ от пения «Аллилуия» во время поста. Наряду с этими особенностями западного богослужения Гумберт был вынужден опровергать и другие обвинения (например, что латиняне пьют кровь и едят удавленину, что запрещено ещё апостольским Собором в Иерусалиме). Сочинение Гумберта, написанное, скорее, в полемическом запале, с трудом могло претендовать на статус взвешенного богословского трактата, тем не менее, по распоряжению императора Константина IX Мономаха оно сразу было переведено на греческий язык. По содержанию к нему примыкает написанный в Константинополе ответ на книгу Никиты Стифата «Contra Nicetam» («Против Никиты»). Ему предпослан латинский перевод сочинения студийского пресвитера. Гумберт продемонстрировал хорошее знание греческого языка, сумев передать полемический стиль книги. Новым в сочинении был вопрос о безбрачии духовенства. Рассматривая вопрос о женатом духовенстве, Гумберт вводит понятие «ересь николаитов».