Пребывая в монастыре, он начал сеять смуту: его монахи начали агитировать среди остального константинопольского монашества против Флавиана, выставляя дело Евтихия только началом гонения на всех монахов (это обстоятельство произвело, конечно, тяжёлое впечатление на Флавиана). На заседании 12 ноября отцы Собора предварительно решили точно выразить в кратких словах православное учение о Лице Богочеловека, затем подали свои голоса. Евтихий явился на Собор 22 ноября, а светская власть приняла все меры для его охраны. Прения на Соборе выявили, что Евтихий устанавливает различие между понятиями «тело человека» и «тело человеческое». В русском языке этот оттенок чувствуется, например, в словах «это розовый цвет» и «это цвет розы». Поэтому выражение «тело Христа есть тело человека» указывает не только на качество природы, но и предицирует и самого его носителя: полагается основа для заключения, что Христос есть человек. Но поскольку Евтихий всегда мыслил, что Христос – Бог единосущный Отцу, то испытывал страх перед мыслью, что Христос – человек. Это казалось ему унизительным для Божества Христова. На Соборе Евтихий уступил, допуская (хотя и с уклонениями) единосущие Христа нам по человечеству, но относительно формальной стороны он был неподатлив, остался при убеждении, что Христос до соединения был из двух естеств, после соединения он признавал в Нём одно естество. Правда, вопрос об отречении от заблуждений был поставлен на Соборе очень резко. Евтихия пригласили не только исповедовать два естества после соединения, но и анафематствовать своё заблуждение и всё несогласное с вероисповедными памятниками. Естественно, Евтихий выразил опасение, что такая анафема может коснуться и святых отцов, и наотрез отказался произнести её. Признать учение о единосущии Христа нам по человечеству Евтихий согласился, довольствуясь авторитетом Флавиана и присутствующих епископов. Уже Собор расходился, когда Евтихий подал не Флавиану, а Флорентию Лидийскому апелляцию от соборного приговора к суду Римского, Александрийского, Иерусалимского и Фессалоникийского епископов. Об этой апелляции Флорентий сообщил Флавиану уже в его покоях. Флавиан был убеждён в заблуждениях Евтихия и, считая приговор Собора вполне справедливым, опубликовал его в церквах. Решение Константинопольского собора вызвало сильнейшую радость на Востоке. Акты Собора были приняты как образцовое изложение веры. Но это был только временный луч света в надвигающихся тёмных обстоятельствах. При дворе православие Флавиана подвергли сомнению, и император в начале 449 г. потребовав от архиепископа изложения его веры для оправдания в подозрении, будто он учит одинаково с Несторием. Противники Флавиана собрали, в свою очередь, в Константинополе собор (с 8 по 27 апреля) и обвинили Флавиана в подделке актов Собора, низложившего Евтихия. Кто-то из нотариев Флавиана сообщил Евтихию копию подлинной черновой записи, и Евтихий засомневался в точности обнародованных актов. Был составлен протокол о том, что акты против Евтихия повреждены нотариями, и приговор против него был заготовлен прежде, чем Евтихий явился на суд. Зерно правды в этом было. Всякий официальный документ пишется по форме. Поскольку печатных бланков тогда не было, то эта канцелярская работа, вероятно, была заготовлена раньше последнего заседания Собора. Но не подписанный документ таковым не является. Хрисафий интригами склонил на сторону Евтихия Диоскора Александрийского и добился от императора разрешения на созыв в Эфесе Собора, получившего впоследствии название «разбойничьего» (это название дал ему папа Римский Лев I Великий). Император назначил главным председателем Диоскора, но тот должен был образовать для этого особую комиссию из главных епископов. Папа Римский Лев I Великий (440–461 гг.) послал на Собор уполномоченных, однако таких лиц, которые не поддержали славы Рима. Папские легаты, познакомившись с делом, решительно встали на сторону Флавиана.