Сам Феодосий II (в отличие от отца) делами церкви интересовался очень живо – активно преследовал язычников (по его приказу, в 426 г. была сожжена эллинская святыня – Олимпия), часто вмешивался в полемику иерархов. В 448 г. против книг философа-неоплатоника Порфирия он издал эдикт, тон и направленность которого надолго определили приёмы христианских теологов в борьбе с инакомыслящими: «Предписываем всем, что Порфирий (или кто-либо другой), гонимый собственным безумием, написал против благочестивой веры христианской, где бы оно ни было обнаружено, предать огню. Ибо мы хотим, чтобы всяческие произведения, вызывающие гнев Божий и оскверняющие душу, не достигали даже слуха людей». После удаления в изгнание супруги Евдокии новым фаворитом императора стал евнух Хрисафий. Первым делом он начал оттеснять от власти людей, которые могли по своим деловым качествам составить ему конкуренцию. Именно из-за происков евнуха пострадал Кир: после того как толпа на ипподроме за восстановление стен рукоплескала эпарху, крича: «Константин построил, Кир восстановил!», Хрисафий обратил внимание императора на то, что народ не упоминает в славословиях имени самого Августа. Евнух убедил Феодосия II, что это неспроста. Император, недолго думая, обвинил египтянина Кира в язычестве (выбрав первый попавшийся предлог для кары), конфисковал имущество и распорядился постричь в монахи, потом, правда, смилостивился и позволил рукоположить в епископы одного из фригийских городов. Евнух пользовался неограниченным влиянием, но в 450 г. и он был сослан – по обвинению в симпатиях к осуждённому Флавиану. С именем Феодосия II Младшего связаны два важных события византийской истории – открытие первой государственной высшей школы и выход в свет «Кодекса Феодосия». Первый факт примечателен тем, что до этого образование было исключительно либо частным, либо муниципальным, но никак не государственным, хотя учителей в школах утверждал император (соответствующий закон был принят при императоре Юлиане Отступнике). В 425 г. Феодосий II издал указ, согласно которому в одном из общественных зданий столицы открылся Аудиториум – по сути, первый средневековый университет. В его штате значился тридцать один преподаватель: пять риторов и десять греческих грамматиков, три ритора и десять латинских грамматиков, два юриста и один философ. Все они были чиновниками, т.е. получали жалованье из императорской казны, а после двадцати восьми лет беспорочной службы – отставку с сохранением пенсии, звания комита первой степени и титулом спектабиля. Однако им запрещалось обучать кого-либо в других местах, и вместе с тем другие преподаватели под страхом сурового наказания и высылки из столицы не имели права открывать там свои школы. Обучение допускалось только в частных домах и для отдельных учеников. Таким образом, кроме древнего центра наук (Академии в Афинах) появился ещё один в Константинополе, правда, несколько иной направленности (в Академии изучали, прежде всего, философию). Кроме того, в отличие от вольных философов, профессора Феодосия II были обязаны верить во Христа. Не исключено, что к открытию этого университета императора подтолкнула его просвещённая супруга. «Кодекс Феодосия» продолжил существовавшие раньше кодексы Григориана и Гермогениана (названные по именам составителей), первый из которых содержал указы от Адриана до Диоклетиана, а второй – с конца III в. до 360 гг. «Кодекс Феодосия» не только оказал определяющее влияние на ранневизантийское право, но и (в отличие от предыдущих) дошёл до нас и стал ценным историческим документом эпохи. При Феодосии II Младшем во время сильного пожара в одном из дворцов Константинополя сгорела вывезенная из разгромленной Олимпии деревянная, покрытая пластинками золота и слоновой кости статуя Зевса работы Фидия – одно из «семи чудес света». 27 июля 450 г. Феодосий II упал на охоте с коня, а на следующий день скончался от полученного ушиба. Его статуя хранится в Лувре.