В 1685/1686 г. в Антиохийской церкви начался раскол между Кириллом V и Афанасием III Даббасом, претендовавшим на патриаршество. Хотя Афанасий III Даббас был известен как филокатолик, Евфимий Сайфи, как полагают исследователи, уже тогда считал его опасным конкурентом и придерживался в этом конфликте нейтралитета. В октябре 1694 г. иерархи примирились: Афанасий III Даббас отказался от патриаршества в обмен на Халебскую кафедру и право наследования патриаршего престола после Кирилла V. По некоторым данным, примирение могло произойти под давлением прокатолически настроенных епископов, угрожавших низложить обоих соперников и избрать патриархом Евфимия Сайфи. Одним из важнейших направлений своей деятельности Евфимий Сайфи считал реформирование литургической и церковно-дисциплинарной практики, что вызвало активное неприятие как среди православных, так и среди католиков. Исследователи считают характерными резкие высказывания о Евфимии Сайфи русского паломника старообрядца священника Иоанна Лукьянова, который встречался с ним в 1701 г. Не позднее 1719 г. Афанасий III Даббас поручил своему секретарю диакону Абдаллаху Захиру составить ряд трактатов в обличение обрядовых новшеств Евфимия Сайфи; патриарх Кирилл V также отзывался о них негативно. В 1710 гг. митрополит отстаивал свои взгляды в переписке с Римом; Ватикан реагировал на эту полемику уклончиво, а после смерти Евфимия Сайфи все его литургические нововведения были осуждены. Евфимий Сайфи славился в арабо-христианских кругах учёностью (современники называли его «сосуд знания»). Однако в современной науке встречаются критические отзывы о его уровне владения литературным арабским языком и о стандартах «учёности» в мелькитской среде соответственно. Главное литературное сочинение Евфимия Сайфи – полемический трактат «Блестящее доказательство», написанный в ответ на появление в 1704 г. арабского перевода «Катехизиса» греческого автора Захарии Герганоса. В своей работе Евфимий Сайфи доказывал базовое сходство католического и православного вероучений, обосновывал примат апостола Петра и обличал представления православных об учениях о Filioque, о чистилище и о блаженстве святых до Страшного Суда. Книга была издана в Риме в 1710 г. (второе издание в Иерусалиме в 1863 г.). В 1711 г. в Италии Иосиф Симон Ассемани перевёл это сочинение на латинский язык (Евфимий Сайфи настаивал также на греческом переводе). Деятельность Евфимия Сайфи вызывала растущее раздражение в православных кругах, особенно греческих. Есть упоминания о том, что уже в начале XVIII в. Антиохийский патриарх отлучил Евфимия Сайфи от церкви. В конце 1714 г. Иерусалимский патриарх Хрисанф Нотара обнародовал окружное послание с осуждением трактата Евфимия Сайфи. Константинопольский патриарх Иеремия III в октябре 1718 г. предал Евфимия Сайфи анафеме и присудил его к ссылке. Патриаршая грамота, подписанная также Хрисанфом Иерусалимским, была отправлена Кириллу Антиохийскому, который, однако, не принял в отношении Евфимия Сайфи серьёзных мер.