Исследователи полагают, что это произошло именно в XII в., когда в Иерусалиме не было православных патриархов. Впоследствии обладание Синаем стало предметом споров Александрийского и Иерусалимского первосвятителей, епархия несколько раз переходила из одной юрисдикции в другую. В политическом плане монастырь оставался под властью правителей Египта. Смещение в сторону Синая торговых путей способствовало установлению прямых контактов между монастырём великомученицы Екатерины и каирскими халифами. Начиная с 1130 гг. исследователям известно множество грамот фатимидских халифов монастырю с подтверждением его имущественных прав, гарантиями беспрепятственного пропуска паломников и других льгот и привилегий. Ту же политику покровительства монастырю продолжали Айюбиды, правившие Египтом в 1171–1250 гг. Султан Салах-ад-Дин в 1174 г. и его брат аль-Малик аль-Адиль в 1176 г. посетили монастырь великомученицы Екатерины и издали в его пользу новые указы. Салах-ад-Дин пожаловал монастырю имения в египетской провинции Эш-Шаркия. В частности, доходы с деревни Гисфа в Дельте оценивались в 1 тыс. динаров и 500 ирдабов (35 т) зерна. Помимо владений на Синае и в Египте монастырь великомученицы Екатерины к XII в. имел различную собственность в Сирии и Палестине. В Газе размещалось его главное подворье, через которое шло продовольственное снабжение монастыря великомученицы Екатерины. В ходе военно-политических потрясений эпохи Крестовых походов многие имения монастыря были утрачены или находились под угрозой. Синайским монахам было жизненно необходимо поддерживать дружественные отношения с крестоносцами. Точно так же монастырь великомученицы Екатерины располагал значительными владениями на Крите, который перешёл в 1204 г. под власть венецианцев. Синайский епископ Симеон посетил Венецию и добился у дожа Пьетро Зиани подтверждения имущественных прав синаитов на Крите (1211 г.). По некоторым данным, в этой грамоте впервые употреблён титул «архиепископ» применительно к синайскому архиерею. Исследователи предполагают, что Симеон побывал также в Риме, где встречался с папой Иннокентием III. Папы Гонорий III в 1217 и 1226 гг. и Григорий IX в 1227 г. даровали монастырю великомученицы Екатерины буллы с изъявлениями своего покровительства и признанием владельческих прав монастыря. В послании Григория IX эти владения перечисляются наиболее подробно. Основные имения монастыря великомученицы Екатерины концентрировались на западном побережье Синайского полуострова: финиковые рощи в Фейране, Эт-Туре и районе Аюн-Муса (Источников Моисея) недалеко от Суэца, – а также в непосредственной близости от монастыря, где известно полдесятка небольших оазисов с источниками, садами и часовнями (так называемых подворий).