Одновременно образован Северный благочиннический округ Берлинской и Германской епархи. В 2001 г. ни один из новых приходов не имел в собственности храмовых зданий, богослужения проводились в арендуемых помещениях или храмах других христианских конфессий. 5 мая 2002 г. в Магдебурге освящено место под строительство православного деревянного храма в честь Всех святых. Решением Священного Синода РПЦ от 17 июля 2002 г. в состав Берлинской и Германской епархии включён приход во имя святых равноапостольных Кирилла и Мефодия в Гамбурге (ранее в юрисдикции Польской православной церкви). В Дюссельдорфе расположено Представительство РПЦ в Германии (при нём ставропигиальный Покровский приход), где устраиваются ежегодные выставки русской иконы, организованы занятия по иконописи. В Берлине, в здании епархиального управления, проводятся богословские семинары для всех интересующихся историей и вероучением православной церкви. В епархии ведётся активная миссионерская и благотворительная деятельность. С августа 2000 г. в Лейпциге постоянно действует общество в честь мученицы царицы Александры, которое занимается благотворительностью и духовным просвещением. В епархии действуют 54 церковно-приходские школы. Монастыри Берлинской и Германской епархии: Свято-Георгиевский мужской монастырь в Гётшендорфе (основан 31 мая 2008 г.). Архиереи Берлинской и Германской епархии: с 1945 г. до 1948 г. приходами РПЦ в Германии управлял архиепископ Александр (Немоловский), архиепископ Сергий (Королёв; 1948–1950 гг.), архиепископ Борис (Вик; 1950–1954 гг.), епископ Михаил (Чуб; 1957–1959 гг.), епископ Иоанна (Разумов; 1959–1960 гг.), архиепископ Иоанн (Вендланд; 1960–1962 гг.), в 1962 г. Среднеевропейским экзархатом временно управлял епископ Лужский, викарий Среднеевропейского экзархата Филарет (Денисенко), архиепископ Сергий (Ларин; 1962–1964 гг.), архиепископ Киприан (Зёрнов; 1964–1966 гг.), с 1966 г. до 1967 г. Среднеевропейским экзархатом временно управлял епископ Тегельский, викарий Среднеевропейского экзархата Ионафан (Кополович), архиепископ Владимир (Котляров; 1967–1970 гг.), архиепископ Леонтий (Гудимов; 1970–1973 гг.), митрополит Филарет (Вахромеев; 1973–1978 гг.), архиепископ Мельхиседек (Лебедев; 1978–1984 гг.), архиепископ Феодосий (Процюк; 1984–1986 гг.), архиепископ Герман (Тимофеев; 1986–1991 гг.), архиепископ Феофан (Галинский; 1991–2017 гг.); епископ Звенигородский Антоний (Севрюк; 2017 г.); епископ Подольский Тихон (Зайцев; с 28 декабря 2017 г., с 1 февраля 2018 г. – архиепископ).