На архиерейском Соборе РПЦ 30–31 января 1990 г. было принято решение об упразднении всех зарубежных экзархатов РПЦ. После упразднения Среднеевропейского экзархата Берлинская епархия стала именоваться Берлинская и Лейпцигская. В августе 1991 г. после объединения ФРГ и ГДР она получила статус корпорации публичного права, что дало ей новые юридические возможности. 23 декабря 1992 г. Синод РПЦ принял постановление об объединении трёх епархий (Берлинской и Лейпцигской, Баденской и Баварской, Дюссельдорфской) в единую Берлинскую и Германскую епархию, т.е. епархии было вновь возвращено первоначальное название. В 1992 г. основан приход во имя Марии Египетской в Тюбингене. В 1993 г. в юрисдикцию РПЦ перешли приходы в честь Покрова Пресвятой Богородицы в Бонне и во имя Николая Мирликийского во Фрайбурге, ранее относившиеся к РПЦЗ, и образована община во имя мученика Христофора в Майнце. В 1993 г. в Берлинской и Германской епархии было 18 приходов. На середину 1990 гг. пришёлся пик эмиграции в Германию русскоязычных граждан из стран СНГ, увеличение паствы Берлинской и Германской епархии привело к открытию новых приходов. В 1995 г. деревянный храм, ранее установленный в музее ветряных мельниц в Гифхорне, был предоставлен в пользование РПЦ и освящён во имя Николая Мирликийского. В сентябре 1995 г. основан приход в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» в Бранденбурге (утверждён Священным Синодом РПЦ 3 апреля 2001 г.). 8 сентября 1996 г. на территории бывшего концлагеря в Дахау под Мюнхеном построен деревянный Воскресенский храм. Для более эффективной координации приходской жизни епархиальным советом Берлинской и Германской епархии 2 ноября 1996 г. было принято решение об учреждении Южного, Западного и Восточного благочиннических округов. В 1997 г. образован приход во имя Христа Спасителя во Франкфурте-на-Одере (утверждён Священным Синодом РПЦ 3 апреля 2001 г.), который проводит богослужения в местной евангелической капелле. К концу 2000 г. численность жителей Германии, которые относят себя к пастве РПЦ, достигла более 50 тыс. человек. Решением Священного Синода РПЦ от 3 апреля 2001 г. в составе Берлинской и Германской епархии утверждены новообразованные приходы: Благовещения Пресвятой Богородицы (Ахен), новомучеников и исповедников Российских (Бремен), преподобномучениц великой княгини Елисаветы и монахини Варвары (Вупперталь), праведного Иоанна Кронштадтского (Гамбург), Воздвижения Креста Господня (Галле), Благовещения Божьей Матери (Ганновер), архангела Михаила (Гёттинген), Троицкий (Дортмунд), новомучеников и исповедников Российских (Кассель), Всехсвятский (Магдебург), Троицкий (Падерборн), блаженной Ксении Петербургской (Росток), мучеников Валентина и Пасикрата (Ульм), Рождества Пресвятой Богородицы (Кемниц).