Осенью 1925 г. в ГПУ был разработан план устранения Петра от должности Местоблюстителя и организации нового церковного разделения. Решено было воспользоваться честолюбием нескольких архиереев во главе с Борисом и Екатеринбургским архиепископом Григорием (Яцковским). Представители ГПУ предложили Борису образовать инициативную группу и подать от её имени ходатайство во ВЦИК о легализации Высшего церковного управления (ВЦУ) и одновременно опубликовать обращение к пастве, в котором будет особо подчёркнуто сочувственное отношение церкви к политике советского правительства. После этого, уверяли Бориса, ВЦУ, епархиальные управления и православные приходы будут легализованы. Борис согласился с предложением, но заявил, что один он ничего сделать не сможет, и обратился через сотрудника ГПУ к Патриаршему Местоблюстителю, рекомендуя митрополиту Петру принять предложение. Несмотря на то что Пётр отверг его предложение, Борис не прерывал переговоры с ГПУ. Одновременно требовал от митрополита Петра созвать архиерейский Собор, на котором планировал отстранить его от местоблюстительства. Митрополит Пётр отвечал, что власти не допустят свободного собрания православных архиереев, не говоря уже о поместном Соборе. 9 декабря 1925 г. Патриарший Местоблюститель был арестован. 22 декабря в Донском монастыре, где тогда находилась резиденция патриархии, и где пребывал викарный епископ Московской епархии Борис, под председательством Григория (Яцковского) состоялось совещание десяти архиереев. Они постановили образовать Временный высший церковный совет (ВВЦС) в составе шести архиереев под председательством архиепископа Григория, в ВВЦС вошёл и Борис. На следующий день сторонники Григория (Яцковского) обратились в НКВД с прошением о легализации своего учреждения и через десять дней получили справку, выданную «гр. Григорию Яцковскому, Рукину Борису, Булычеву К., Бусыгину И., Воскресенскому Д., Пятницкому В., Русинову Т., Русинову М., Зорину В. в том, что к открытию деятельности Временного совета впредь до утверждения такового со стороны НКВД препятствий не встречается». Узнав об образовании ВВЦС, митрополит Сергий (Страгородский) запретил архиепископа Григория и сторонников ВВЦС в священнослужении и объявил о предании их церковному суду. 19 января 1926 г. членам ВВЦС, среди которых был и Борис, разрешили встретиться в тюремной камере с митрополитом Петром.