Во время свидания они требовали от митрополита передачи им полномочий, уверяя, что только они, получившие признание советской власти, – чего не удавалось сделать ни патриарху Тихону, ни митрополиту Петру, не удастся и митрополиту Сергию, – сумеют до конца нормализовать отношения с гражданской властью и обеспечить церкви спокойное существование. В конце концов, Местоблюститель, которого тюремщики держали в полном неведении о ходе церковных дел, издал новое распоряжение об управлении церковью, временно поручив исполнение обязанностей Местоблюстителя коллегии из трёх архиереев: Владимирского архиепископа Николая (Добронравова), Томского архиепископа Димитрия (Беликова) и Екатеринбургского архиепископа Григория. Члены ВВЦС скрыли от заключённого первосвятителя, что архиепископ Николай находится под арестом, архиепископ Димитрий не имеет разрешения на приезд в Москву. Истолковав резолюцию как передачу управления церковью лично архиепископу Григорию, они объявили об устранении от временного управления Московской епархией назначенного митрополитом Сергием Старицкого епископа Петра (Зверева), а Борис издал циркуляр о своём вступлении в управление столичной епархией. Узнав о реальном течении событий и состоянии дел, митрополит Пётр 23 апреля 1926 г. объявил об аннулировании полномочий ВВЦС и подтвердил назначение митрополита Сергия своим временным заместителем. В григорианском расколе Борис состоял членом Синода, был возведён в сан «архиепископа», в 1927 г. – «митрополита». Число его сторонников в Москве, где он возглавлял общину, было ничтожно малым. В среде раскольников его влияние было весьма значительным, в Москве обычным наименованием григорианского раскола было «борисовщина». Арестован в последних числах мая 1931 г. за дачу взяток чиновникам из комиссии по проверке храмового имущества, охраны памятников искусства и старины и Мособлисполкома при решении вопроса о передаче храмов группе верующих, возглавляемой Борисом (октябрь, ноябрь 1930 г. – часовни Спасская и князя Владимира у храма Христа Спасителя; май 1931 г. – Воздвиженский храм на Воздвиженке); заключён в Бутырскую тюрьму, где скончался. По церковному преданию, в припадке душевной болезни покончил с собой.