В январе 1800 г. настоятелем Белобережской пустыни был назначен иеромонах Василий (Кишкин), прежде подвизавшийся на Афоне, в Нямецком монастыре, а к моменту назначения – в Коренной Рождества Богородицы мужской пустыни. Он ввёл в пустыни афонский общежительный устав, также составил уставы для Кременецкого монастыря на Дону, Борисовского Тихвинского женского монастыря Курской епархии и Медведицкого женского монастыря на Дону. Трудами иеромонаха Василия в пустыни возродилось старчество, его учениками и ближайшими последователями были схимник Афанасий (Захаров), преподобный Тихон Белобережский (ум. около 1844 г.), преподобный Лев (Гаголкин), иеромонах Макарий (ум. в 1839 г.), монах Арсений (ум. в 1844 г.), монахи Анастасий, Израиль, Иннокентий и Павел, подвизавшиеся впоследствии в Задонском монастыре. Постриженики Белобережской пустыни стали настоятелями многих обителей: архимандрит Радовицкого монастыря Рязанской губернии Серафим, строители Площанской пустыни Виталий, Каллист, Павел и Маркеллин, строитель Никандровой Благовещения Пресвятой Богородицы пустыни Мардарий, игумен Одрина монастыря Серапион, строитель Югской Дорофеевой пустыни Варфоломей, игумен Ордынской пустыни Смоленской губернии преподобный Палладий (Коровин), игумен Рыхловского монастыря Черниговской губернии Мельхиседек (Сокольников), игумен Данковского монастыря Рязанской губернии Досифей, игумен Глинской пустыни Филарет и многие другие. Все они приносили духовное устроение Белобережской пустыни в управляемые ими обители. Выходцами из Белобережской пустыни в XIX в. была устроена Белобережская келья монастыря Ватопед на Афоне, первым игуменом которой был избран из среды белобережских насельников иеромонах Варсонофий (Вавилов). 8 июля 1804 г. указом императора Александра I Белобережская пустынь была включена в состав монастырей Орловской и Севской епархии. В сентябре 1804 г. Василий подал епископу Досифею (Ильину) прошение об увольнении от настоятельства «за слабостью здоровья» с рекомендацией назначить на эту должность иеромонаха Питирима. Иеромонаху Василию было предписано «пребывание иметь в оной же пустыни для вспомоществования советом и наставлениями новоопределённому строителю». Вскоре братия, возмущённая тем, что новый настоятель притеснял Василия, потребовала отстранения его от должности. С общего согласия настоятелем был избран постриженик иеромонаха Василия иеромонах Леонид (Наголкин). По поручению епископа Досифея 17 ноября 1805 г. иеромонах Леонид «с согласия всей братии» письменно изложил устав пустыни («общежительное чиноположение»), в его составлении по образу правил афонских и молдавских обителей участвовали иеромонах Мелхиседек (Сокольников) и ученики Паисия (Величковского): схимонах Афанасий, схимонах Феодор и иеросхимонах Клеопа. Устав Белобережской пустыни стал образцом для многих монастырей России и впоследствии был издан архимандритом Мелхиседеком (Сокольниковым) при описании Пустынно-Рыхловского монастыря Черниговской епархии. В 1817 г. в пустыни проживали 30 насельников. При иеромонахе Леониде (1804–1808 гг.) и последующих настоятелях игумене Мелхиседеке, иеромонахе Моисее был сооружён больничный корпус с церковью в честь иконы Божьей Матери «Троеручица» (1809 г.).