При рассмотрении на Соборе вопроса о положении монастырей выяснилось, что в разорении обителей немалую роль сыграли архиереи, которые использовали имущество находившихся под их патронатом монастырей для обогащения своих родственников и слуг. Ситуацию чрезвычайно обостряло также то обстоятельство, что епископы следовали решениям Собора лишь настолько, насколько это было выгодно. Они не торопились давать средства на содержание школ и типографий, а Гедеон (Балабан) не остановился перед тем, чтобы передать свой спор с Львовским братством на рассмотрение светского суда, в чём его поддержал Луцкий епископ Кирилл (Терлецкий). Осенью 1592 г. Львовское братство обратилось к патриарху с просьбой созвать в 1593 г. Собор с участием патриаршего экзарха, на котором состоялся бы суд над недостойными епископами. О Соборе, который состоялся в Бресте в 1593 г., известно только то, что вызванный на него Гедеон (Балабан), ранее отстранённый митрополитом от управления епархией и не пожелавший подчиниться этому решению, не пожелал туда явиться и был на Соборе отлучён от церкви. Впоследствии противоречия достигли такой остроты, что на Собор, созванный митрополитом Михаилом (Рогозой) в 1594 г., бо́льшая часть епископов не явились, и это позволило в дальнейшем говорить о незаконности его решений. К Собору обратились Виленское братство и православное дворянство Великого княжества Литовского с важными предложениями, направленными против епископов, которых воспринимали как препятствие на пути к улучшению положения церкви. По мнению авторов обращения, в Речи Посполитой требовалось постоянное присутствие патриаршего экзарха, чьей задачей, очевидно, являлся контроль за выполнением епископами соборных решений. Доходы епископских кафедр должны использоваться на содержание школ, строительство храмов и больниц, епископам надлежало вернуть монахов в разорённые монастыри. Требовали установить суровые санкции против архиереев, которые в нарушение решений Собора обратились в светский суд. Вместе с тем предлагалось в судебном порядке преследовать противников братств, признать монополию братств на создание школ и типографий, учредить братства и братские школы в центре каждого повета, подчинить священников братских храмов непосредственно митрополиту. Присутствовавшие на Соборе архиереи во главе с митрополитом Михаилом и Владимиро-Волынским епископом Ипатием (Потеем) не одобрили эти предложения. Никаких решений, в чём-либо ущемлявших епископов, Собор не принял за единственным исключением – Гедеон (Балабан) был отстранён от управления епархией, однако это решение не могло быть исполнено из-за противодействия светской власти. Деятельность братств была одобрена, но Собор постановил, что братские священники должны подчиняться власти епархиальных архиереев, с разрешения которых должна осуществляться издательская деятельность братств. Соборы Киевской митрополии не смогли выработать план преобразований, который получил бы поддержку всего православного общества. После того как митрополит и большинство епископов подчинились власти папы на Брестском соборе 1596 г. (см. Брестская уния), созыв Соборов в Киевской митрополии прекратился до восстановления православной иерархии в 1620 г.