На Соборе духовенства, созванном в Вильно в 1589 г. Константинопольским патриархом Иеремией II (1572–1579, 1580–1584, 1587–1595 гг.), обсуждалось неблагоприятное положение дел в Киевской митрополии, и было, как полагают исследователи, принято решение для исправления ситуации обратиться к известной, но к тому времени полузабытой практике созыва местных Соборов. Первый из таких Соборов состоялся 20 июня 1590 г. в Бресте. Констатировав, что православная церковь терпит гонения со стороны католиков и протестантов, страдает от произвола светских патронов и внутренних нестроений, участники Собора приняли решение о ежегодном созыве Соборов, а за неявку на Собор без уважительной причины виновному угрожало лишение сана. Намечена была и программа работы будущих Соборов, на них среди прочего должен был обсуждаться вопрос «о школах, о науках». Из конкретных вопросов Собор рассмотрел спор между Львовским епископом Гедеоном (Балабаном) и Львовским братством. Епископ был осуждён за попытки подчинить себе братство в нарушение привилегий, предоставленных братству Константинопольским патриархом. Много важных решений, касавшихся как разных сторон церковной жизни, так и отношений церкви со светской властью, было принято на Соборе, который прошёл в Бресте осенью 1591 г. Ряд постановлений был направлен на укрепление церковной дисциплины, на усиление власти епископов над приходским духовенством. Епископы должны были проверять пригодность ставленников к исполнению своих обязанностей и не рукополагать человека, «которы бы себе церковь купил от мирское власти». Епископы не должны были допускать к участию в богослужении священников-двоежёнцев. Священникам предоставлялась возможность обращаться к Собору с жалобой на действия архиерея, но предварительно он должен был подчиниться наложенным на него прещениям. Большое внимание на Соборе было уделено вопросам образования и просвещения. Собор одобрил деятельность Львовского и Виленского братств по созданию училищ для православной молодёжи и типографий, обязал епископов выделять средства на оплату типографских расходов и организацию училищ в своих епархиях. Вместе с тем братства не должны были издавать книг «без воли и благословения епископов». Ряд решений был направлен на укрепление автономии церкви перед лицом светской власти. Священникам в случае споров между собой запрещалось обращаться в светские суды. Было выдвинуто требование освободить от опеки светских патронов разорённые ими монастыри. В случае смерти епископа его преемник должен был избираться на съезде епископов, по решению Собора, митрополит не мог поставить на вакантную кафедру никакого другого кандидата. Само содержание этих решений показывает, что они исходили, прежде всего, от епископов и предусматривали выход из кризиса путём сплочения духовенства и всего православного общества вокруг епископов и под их властью. Однако епископы как возможные руководители и организаторы преобразований не вызывали доверия у православного духовенства и народа. На самом Соборе, как выясняется из посланий Львовского братства Константинопольскому патриарху Иеремии II, приходские священники критиковали неподобающий образ жизни некоторых епископов, предлагая им отказаться от своего сана.