Римские молитвы, не использовавшиеся во франкских землях или входившие в противоречие с местной практикой, представлены только в виде заглавий, например, «Oratio prima Petri» («первая молитва Петра»), «In solemnitatibus Petri et Christi» («На праздник Петра и Христа»). В чине мессы присутствуют характерные для галликанского обряда элементы: чтение диптихов, целование мира, прошения, напоминающие византийские ектении, и др. Далее следуют 60 последований на весь церковный год, содержащие изменяемые части мессы. Все они распределены по четырём неравным разделам: 1) службы периода от Адвента до Пятидесятницы; 2) повседневные службы; 3) службы на праздники; 4) «то, что должно читаться в будни» (деление церковного года близко к римскому). Первый раздел включает: три мессы на период Адвента, последования на Рождество Христово и связанные с ним памяти (св. Евгении, вифлеемских младенцев, апостолов Иакова и Иоанна), службы на праздники Обрезания, Богоявления, Кафедры св. апостола Петра, «праздник св. Марии» (первое воскресенье после Богоявления), Успение Пресвятой Богородицы (празднуемое в январе), последования на период Великого поста, на Неделю ваий (последование носит название «In symbole traditione» – «На вручение символа»; в этот день заканчивался один из этапов оглашения), Великий четверг («In cena Domini» – «На вечерю Господню»), Пасху и пасхальную седмицу, праздники Обретения Креста, Рогаций («In letanias» – «На литании», т.е. прошения), Вознесения Господня и Пятидесятницы. Оставшийся период года (с праздниками во имя Иоанна Крестителя, Петра и Павла и др.) отнесён ко второму разделу вместе с общими службами святым (по ликам) и последованиями на разные случаи (освящение храма, за отправляющихся в путь, за усопших и проч.). В третий раздел включены типовые службы на великие праздники, в четвёртый – варианты служб для будних дней и за усопших (pro defunctis). Как правило, каждая служба предваряется двумя или тремя чтениями (из Ветхого Завета, апостольских Посланий и Деяний (иногда читается и Апокалипсис) и Евангелий). Некоторое количество священнических покаянных молитв от первого лица, помещённых в Миссале из Боббио, свидетельствует о распространении практики «частной мессы». В разделе, который исследователи условно называют Ритуалом (или Бенедикционалом), содержатся формулы благословений (воды, елея, свечей), молитва на благословение брака и др., утренние и вечерние молитвы, уставные указания, а также благодарственные молитвы после причащения. В Миссале из Боббио содержится самое раннее свидетельство об обряде благословения пальмовых ветвей в Пальмовое воскресение. В чинопоследованиях, связанных с таинством крещения, исследователи отмечают сирийское влияние. Некоторые листы представляют собой Пенитенциал, состоящий из двух молитв и 47 покаянных канонов, в основном, ирландского происхождения (из Правил св. Колумбана и др.) или взятых из постановлений поместных Соборов эпохи Меровингов; некоторые содержат объяснение службы часов, Апостольский Символ веры и канон библейских книг. Иной рукой в рукописи вписаны евангельские глоссы на средневековой латыни, наставления о времени совершения мессы, чинах церковной иерархии, времени Рождества Христова, покаянии и др.