В ходе бегства армий Западной коалиции было убито несколько десятков тысяч самураев. Иэясу Токугава одержал решительную победу. В результате сражения восточная коалиция потеряла около восьми тысяч человек убитыми и несколько тысяч ранеными, западная – около сорока тысяч. Через шесть дней после битвы Исида Мицунари был пойман живым и доставлен в ставку Иэясу Токугава. По одной из версий, тот встретился со своим противником, после приказал отправить его в Киото, где его провезли по городу, а затем вместе с несколькими командирами западной коалиции казнили отсечением головы бамбуковыми пилами. По другой же Исиду Мицунари казнили самым обыкновенным для того времени отсечением головы. Его замок Саваяма был взят через три дня после Сэкигахара, отец Исиду Мицунари и вся его семья были также казнены. После публичной казни Исиды Мицунари и Кониси Юкинага, влияние и слава дома Тоётоми и его сторонников существенно упали. Иэясу Токугава перераспределил земли и поместья врагов, отдав их тем, кто помогал ему. Благодаря этому он получил власть над бывшими землями дома Тоётоми. Изначально это сражение предполагало собою лишь внутреннее столкновение между вассалами Тоётоми, однако после того как Иэясу Токугава получил титул сёгуна от императора Го-Ёдзей, битва обрела намного большее значение. В 1664 г. Хаяси Гахо, историк Иэясу Токугавы, подытожил последствия сражения так: «Злодеи и разбойники проиграли, весь мир подчинился господину Иэясу и теперь восхваляет принесённый порядок, чествует его ратные подвиги». Три важных рода не смогли легко отделаться после битвы: Дом Мори, под предводительством Тэрумото Мори, затаил большую злобу на Иэясу Токугаву за то, что тот отобрал у них провинцию Аки и выгнал в княжество Тёсю, хотя дом вообще не принимал участия в сражении. Дом Симадзу, управляемый Симадзу Ёсихиро, винил в поражении плохую разведку. И хотя их не выселили из родной провинции Сацума, они не были слепо верны сёгунату Токугава. Благодаря тому, что от Кюсю до Эдо довольно далеко, а также своему продвинутому шпионажу, дом Симадзу был почти что автономным княжеством, особенно в последние дни сёгуната, когда он стал, по сути, независимым государством. Дом Тёсокабэ, возглавляемый Тёсокабэ Мортикой, был лишён всех титулов и изгнан. Бывшие подданные дома так и не пришли к соглашению с новой правящей семьёй, домом Ямаути, поскольку те назначали их на более низкие должности, чем собственных, а иногда даже несправедливо наказывали. Такие различия сохранились и в поколениях после окончательного падения дома Тёсокабэ. Потомки этих трёх кланов сотрудничали в течение двух веков с целью свергнуть сёгунат Токугава, и в итоге возглавили реставрацию Мэйдзи. Знаменитый фехтовальщик Миямото Мусаси также участвовал в этой битве, но на стороне Исиды Мицунари. Хотя большинство армии Исиды Мицунари и полегло в бою под натиском войск Токугавы Иэясу, Миямото Мусаси удалось выжить.