В 1847 г. в Костроме в результате пожара серьёзно пострадал Богоявленский мужской монастырь, где находилась Костромская духовная семинария. В том же году он был упразднён, а его штат и угодья передали Богородицко-Игрицкому монастырю, возведённому во второй класс; в 1849–1866 гг. настоятелями монастыря были ректоры Костромской духовной семинарии. Особый период в истории обители начался в 1866 г., когда в Костромской епархии было учреждено Кинешемское викариатство, и Богородицко-Игрицкий монастырь стал резиденцией викарных епископов. Во второй половине XIX – начале XX вв. настоятелями монастыря были видные деятели РПЦ Кинешемские епископы Ионафан (Руднев; 1866–1869 гг.), Никандр (Феноменов; 1905–1908 гг.), Севастиан (Вести; 1914–1919 гг.). По инициативе епископа Вениамина (Платонова) в 1888 г. при монастыре открылась церковноприходская школа, которая разместилась в монастырской гостинице. Во второй половине XIX – начале XX вв. число братии Богородицко-Игрицкого монастыря составляло около 30 человек, обители принадлежали 1716 десятин пахотной земли, сенокосных лугов и леса, мельница на реке Чёрной с маслобойным заводом при ней, подворье в Костроме. В 1919 г. Богородицко-Игрицкий монастырь был закрыт, его последний настоятель епископ Севастиан изгнан, в братском корпусе открылась школа. Братии удалось зарегистрироваться как приходской общине, и обитель фактически просуществовала ещё девять лет. В 1928 г. Богородицко-Игрицкий монастырь был окончательно упразднён. Никольский храм, действовавший как приходской, был закрыт в 1932 г. (находившуюся в нём Смоленскую икону Божьей Матери перенесли в Воскресенскую церковь соседнего села Любовникова). В 1931 г. вблизи Песочной слободы были устроены Песоченские военные лагеря, в ведение которых перешли монастырские постройки. Бывшую монастырскую трапезную отдали под свинарник, Смоленский собор – под коровник. В 1933 г. разобрали часовню над святым источником, в следующем году для нужд лагерей был взорван собор Смоленской иконы Божьей Матери, в 1936 г. – собор Рождества Христова, осенью 1941 г. начался снос Никольской церкви. К началу 1960 гг. из монастырских построек оставался только увенчанный колокольней братский корпус, в котором находилась школа. В 1962 г. под предлогом того, что колокольня «отрицательно влияет» на учащихся, два её верхних яруса были разрушены. В начале 1970 гг. школу из корпуса вывели. В настоящее время из строений Богородицко-Игрицкого монастыря сохранился только двухэтажный братский корпус в руинах и встроенный в него нижний ярус колокольни.