В 1639 г., когда численность братии достигла почти 50 человек, строитель Гурий просил царя Михаила Фёдоровича пожаловать обители незасеваемые земли и лес с угодьями, принадлежавшие опустевшим Никольскому монастырю на Строевой Горе (ныне село Строевая Гора Комсомольского района Ивановской области) и Козьмодемьянскому погосту в Сорохтском стане Костромского уезда. Грамотами от 2 июня и от 4 июля 1645 г. царь пожаловал монастырю эти земли в оброчное содержание, и Богородицко-Игрицкий монастырь получил 294 четвертей земли, пять десятин леса и шесть крестьянских дворов. В 1646 г. грамотой царя Алексея Михайловича земли, принадлежавшие раньше Никольской обители, были переданы Богородицко-Игрицкому монастырю в безоброчное владение; в 1677 г. царь Фёдор Алексеевич пожаловал обители пожни; в 1690 г. Богородицко-Игрицкому монастырю были переданы в вотчинное владение и земли Козьмодемьянского погоста. С начала 1630 гг. монастырь имел в Костроме свой двор на Ивановской улице возле кремля. В середине XVII в. близ Богородицко-Игрицкий монастырь возникла принадлежавшая ему Песошнова, или Песочная, слобода. Приобретение вотчин позволило монастырю начать каменное строительство. В 1686–1689 гг. вместо деревянного был сооружён каменный пятиглавый двухстолпный (холодный) собор в честь Смоленской иконы Божьей Матери. В 1692–1698 гг. возвели каменный одноглавый двухстолпный (тёплый) Никольский храм, в 1698–1700 гг. место деревянного занял каменный надвратный храм преподобных Онуфрия Великого и Петра Афонского. Во время реформы 1764 г. монастырь из уважения к находившейся в нём чудотворной Игрицкой иконе Божьей Матери избежал закрытия, но был выведен за штат. Лишившись своих вотчин, обитель вскоре пришла в упадок. Лишь с 1791 г., когда в Богородицко-Игрицком монастыре был введён общежительный устав, его положение стало улучшаться. С 1792 г. Смоленскую икону Божьей Матери ежегодно приносили в Кострому в среду девятой недели по Пасхе (впоследствии и зимой – в начале декабря). В 1830 гг., после того как обитель возглавил игумен Порфирий, началось возрождение монастыря. По проектам костромского архитектора Петра Ивановича Фурсова в Богородицко-Игрицком монастыре были построены в стиле классицизма: трёхъярусная 60-метровая колокольня над братским корпусом (1832–1835 гг.), пятиглавый четырёхстолпный с четырьмя портиками с четырёх фасадов собор Рождества Христова (1835–1839 гг.), часовня-ротонда над св. источником близ монастыря. К началу 1840 гг. в обители жили сто человек братии и послушников.