В 1792 г. Бельгия была оккупирована французской республиканской армией, с октября 1795 г. бельгийские провинции входили в состав революционной французской республики. Католическая церковь в целом сохранила прочные позиции в стране. В первые годы французского правления были попытки запрета религиозных праздников, высылки священников и закрытия католических храмов. В 1794 г. был закрыт Лувенский университет. Однако после восстания фламандских крестьян в 1798 г. власти были вынуждены отказаться от репрессивных акций и в дальнейшем перейти к политике веротерпимости. При императоре Наполеоне I было проведено несколько реформ по территориальному и структурному преобразованию епископств: восстановлено архиепископство Мехелена и епископства Гента, Льежа, Намюра и Турне. На Венском конгрессе 1815 г. все провинции Нидерландов (Бельгия и Голландия) были объединены в Нидерландское королевство. Новый король Вильгельм I, протестантского вероисповедания, провёл ряд преобразований в религиозной сфере: объявил о предоставлении равенства всем конфессиям и создании системы светского начального образования, что вызвало недовольство сформировавшейся католической оппозиции. В 1825 г. из страны по приказу короля были изгнаны иезуиты и монахи конгрегации Христовых братьев. В 1828 г. католическая оппозиция объединилась с политической либеральной оппозицией, сформировав единый Национальный фронт. Этот союз получил название «унионизма», поддерживался почти 20 лет и стал основной силой в борьбе Бельгии за независимость. В 1830 г. под влиянием революции во Франции в Бельгии была провозглашена независимость. Конституция 1831 г. закрепила государственный строй конституционной монархии и федеративное политическое устройство, а также свободу вероисповеданий, декларировав равенство на государственном уровне католичества, протестантизма и иудаизма. В первые годы существования нового государства административные посты были поделены, в основном, между либералами и католиками. Была создана Конференция католических епископов (1830 г.). В середине XIX в. остро встали проблемы, связанные с системой образования. Либералы, выступавшие за официальные светские школы, в которых курс религии заменялся курсом морали, имели большинство в парламенте с 1847 по 1870 гг. С 1870 по 1914 гг. (за исключением 1879–1884 гг.) у власти находилась католическая партия. Либералы провели через парламент закон, предусматривающий отделение школ от церкви (1879 г.), в 1884 г. был отменён католиками, в программу начальных школ возвращены религиозные дисциплины.