Собор специально не рассматривал порядок судопроизводства, в том числе апелляции. Не рассматривался этот вопрос и на архиерейском Соборе 1961 г., принявшем изменения в «Положении об управлении Русской Православной Церкви». В течение всего времени до архиерейского Собора 1988 г., который утвердил «Устав об управлении Русской Православной Церкви», в РПЦ сохранялся принятый ранее порядок апелляции. По Уставу об управлении РПЦ, «правами церковных судов обладают: Поместный Собор, Архиерейский Собор, Священный Синод и Епархиальные советы»; поместный Собор «судит в последней инстанции все дела, предварительно рассмотренные Архиерейским Собором»; архиерейский Собор является «второй и последней инстанцией» для решения разногласий между архиереями, а также для дел, переданных Священным Синодом; Священный Синод осуществляет судебную власть в период между Соборами. Низшей инстанцией, обладающей правом судить, является епархиальный совет, решения которого «могут быть обжалованы в вышестоящей инстанции церковного суда». Таким образом, судом второй, апелляционной, инстанции для клириков и мирян является Священный Синод, а для архиереев – архиерейский Собор. Судебная система, порядок судопроизводства, в том числе и апелляции, в настоящее время определяются священными канонами, уставом Русской православной церкви, принятым Юбилейным архиерейским Собором РПЦ 2000 г. Собор поручил Священному Синоду разработать «Положение о церковном суде». Суд в РПЦ в соответствии с уставом должен осуществляться тремя инстанциями: «а) епархиальными судами, имеющими юрисдикцию в пределах своих епархий; б) общецерковным судом, с юрисдикцией в пределах Русской Православной Церкви; в) высшим судом – судом Архиерейского Собора, с юрисдикцией в пределах Русской Православной Церкви». Постановления епархиального суда утверждаются епархиальным архиереем, «имеющим право смягчать» взыскания. «В случае несогласия епархиального архиерея с решением епархиального суда он действует по своему усмотрению. Его решение входит в силу немедленно, но дело передаётся в общецерковный суд, который и принимает окончательное постановление». Клирики и миряне при несогласии с постановлением епархиального суда подают апелляцию в общецерковный суд, который и рассматривает соответствующее дело окончательно. Для архиереев судом второй инстанции, имеющим право принимать апелляцию, является архиерейский Собор. До образования в соответствии с ныне действующим уставом епархиальных судов и общецерковного суда сохраняется прежний порядок церковного суда. Постановления общецерковного суда, «являющегося судом второй инстанции» для клириков и мирян, утверждаются Патриархом Московским и всея Руси, в случае несогласия патриарха с решением общецерковного суда «для окончательного решения дело может быть передано на суд Архиерейского Собора». Представляя высшую судебную инстанцию, архиерейский Собор выносит окончательное решение «по всем делам, переданным ему общецерковным судом». Патриарх «принимает апелляции от епархиальных архиереев Самоуправляемых Церквей».