С конца XII в. резиденция антиохийских князей почти постоянно находилась в Триполи. После смерти Салах ад-Дина основанная им держава Айюбидов стала ареной междоусобной борьбы, и для Антиохийского княжества наступило некоторое затишье. В XIII в. антиохийские князья, не обладая достаточной силой для противостояния мусульманам, стремились обезопасить себя с помощью дипломатии, заключив союз с ближайшим и опаснейшим соседом – Халебским эмиратом. Главным противником Антиохийского княжества в первой половине XIII в. стала Киликийская Армения, с которой велась многолетняя война из-за династических прав на престол Антиохийского княжества, а также ряд пограничных конфликтов. В 1260 г. в мусульманские владения Сирии вторглись монголы, и этим длительное равновесие в регионе было нарушено. Князь Боэмунд VI поспешил заключить союз с монголами, которые вскоре захватили Халеб, Хаму и Дамаск. Но осенью 1260 г. их армия потерпела поражение от египетских мамлюков в битве при Айн-Джалуте и была вынуждена уйти из Палестины и Сирии. Все мусульманские территории оказались под контролем победителя монголов египетского султана Бейбарса. В последующие годы крестоносцы, союзники монголов, оказались в одиночестве перед лицом мамлюков и стали терять один город за другим. На Антиохийское княжество, имевшее тесные связи с монголами, был направлен наиболее мощный натиск Бейбарса. Потерявшую все пограничные укрепления Антиохию после короткой осады взяли штурмом 18 мая 1268 г. В захваченном городе была устроена резня, большинство населения погибло, город запустел. Князь Боэмунд VI во время осады находился в Триполи; он и его наследники ещё некоторое время носили титул правителей Антиохийского княжества, но вернуть утраченное владение не смогли. Правители Антиохийского княжества: Боэмунд I, граф Тарентский (июнь 1098 г. – август 1100 г.; май 1103 г. – осень 1104 г.); Танкред (регент: март 1101 г. – май 1103 г.; осень 1104 г. – 1108 г., князь: 1108 г. – декабрь 1112 г.); Рожер, граф Салернский (декабрь 1112 г. – 28 июня 1119 г.); Балдуин II, король Иерусалимский (регент, июль 1119 г. – сентябрь 1126 г.); Боэмунд II (октябрь или ноябрь 1126 г. – февраль 1130 г.); Алиса, вдова Боэмунда II (февраль 1130 г. – 1132 г.; 1135–1136 гг.); Фульк, король Иерусалимский (регент, 1132–1136 гг.); Раймонд, граф Пуатье (1136 г. – 29 июня 1149 г.); Констанция, вдова Раймонда (1149–1153 гг.); Рейнальд, граф Шатильонский (весна 1153 г. – ноябрь 1160 или 1161 г.); Балдуин III, король Иерусалимский (регент, ноябрь 1160 или 1161 г. – 10 декабря 1163 г.); Боэмунд III (февраль 1163 г. – апрель 1201 г.); Боэмунд IV (апрель 1201 г. – февраль 1216 г.; 1219 г. – зима 1233 г.); Раймонд Рубенид (14 февраля 1216 г. –1219 г.); Боэмунд V (зима 1233 г. – январь 1252 г.); Боэмунд VI (зима 1252 г. – 18 мая 1268 г.).