15 апреля 1740 г. закованный в ножные кандалы М.П. Аврамов был этапирован в Тайную канцелярию с донесением, содержавшим длинный перечень его провинностей. Прибыл в Санкт-Петербург 16 февраля 1741 г., а 3 марта 1741 г. по предложению А.И. Ушакова был освобождён, дав подписку «жизнь препровождать в тихости». В ноябре 1749 г. М.П. Аврамов подал императрице Елизавете Петровне (1741–1761 гг.) пространную челобитную, содержавшую критику церковной реформы Петра I и ряд предложений «о исправлении изнемогающаго в православной вере и о просвещении непросвещенного народа во всей вселенной». В числе пунктов, предложенных в проекте М.П. Аврамова, были созыв Собора для рассмотрения церковных дел; учреждение должности государственного правдохранителя; окончание перевода и издание книг Библии, Кормчей; составление истории царствования Петра I и Елизаветы; издание закона об обязательной исповеди четыре раза в год, за которую предполагалось выдавать денежные вознаграждения; повышение курса государственной монеты и использование полученного капитала на выкуп крестьян; усиление контроля приходского духовенства и монашества за нравственностью прихожан, особенно судей; преимущественное строительство каменных церквей и т.д. Среди его предложений было и восстановление патриаршества. Сочинение М.П. Абрамова было сопоставлено в Тайной канцелярии с челобитной Петра Калачёва и по сходству некоторых пунктов в М.П. Аврамове заподозрили злой умысел на императрицу. После расследования было признано, что «он те противные книги сочинял с сущей простоты» и по старости может быть избавлен от наказания, но для предотвращения подобных сочинений решено было заключить М.П. Аврамова в монастырь. Вплоть до своей смерти он содержался в «безвестном» отделении Тайной канцелярии. Документы о жизни и деятельности М.П. Аврамова в настоящее время хранятся в основном в фондах Архива внешней политики Российской Империи, Российского государственного архива древних актов, Российского государственного исторического архива. Автобиографические «Записки», проекты и некоторые письма М.П. Аврамова фрагментарно напечатаны в пересказе церковного историка Илариона Алексеевича Чистовича (1828–1893 гг.). Ряд документов М.П. Аврамова (в том числе и рапорт Г.Г. Скорнякова-Писарева с обвинениями в адрес М.П. Аврамова) помещён в приложениях к книге Дмитрия Олеговича Серова (род. в 1963 г.) «Приветственные стихи императору Петру I» (переиздано // «Описание изданий гражданской печати, 1708 – январь 1725 г.». М.; Л., 1955 г.).