Связь католикоса с паствой за пределами Российской империи могла осуществляться лишь через посредство Министерства иностранных дел. Учреждался Синод (из 4 епископов и 4 архимандритов под председательством католикоса), деятельность которого контролировалась назначаемым правительством прокурором. Предусматривалось открытие при храмах церковных школ, семинарий и приходских школ в каждой из шести епархий, насчитывающихся на территории Российской империи: Ереванской, Грузинской, Карабахской, Шемахинской (Ширванской), Новонахичеванской и Бессарабской. В Астраханской епархии и в Эчмиадзине создавались духовные семинарии. Вторая волна эмиграции армян в Россию и Западную Европу была вызвана турецким геноцидом конца XIX – начала XX вв. В 1915 г. число беженцев составило около 90 тыс. человек. В декабря 1917 г. декрет СНК провозгласил право «Турецкой Армении» на самоопределение. В 1918 г. Турция аннулировала Брестский мир и оккупировала Армению. В результате этого ее территория резко сократилась, и именно эта сравнительно небольшая территория в 1922 г. как республика вошла в состав СССР. После 1917 г. в связи с включением бывшей Бессарабской губернии в состав Румынии армянские общины на ее территории вошли в Румынскую епархию Армянской апостольской церкви. Новонахичеванская епархия с центром в Ростове-на-Дону с 1917 г. была лишена епископа и управлялась викариями. Средняя Азия была отделена от Астраханской епархии и присоединена к Бакинской, образовав Бакинскую и Туркестанскую епархию. После Великой Отечественной войны многие армяне-эмигранты вернулись на родину из стран Ближнего Востока, с Кипра, из Персии. Управление Астраханской епархией, сократившейся до территории Северного Кавказа и Поволжья, в 1949 г. было передано главе Новонахичеванской епархии, а в 1956 г. возникла объединенная епархия Нового Нахичевана и Северного Кавказа во главе с архимандритом Гарегином Тер-Акопяном. 5 мая 1956 г. вновь открывшаяся в Москве армянская церковь Воскресения стала действовать как отдельное пастырство (приход) Армянской апостольской церкви. В 1962 г. на Церковно-национальном соборе в Эчмиадзине армяне России были представлены двумя делегациями: Новонахичеванской и Северокавказской епархий и Московского пастырства. В 1963 г. новый глава епархии Паркев Геворгян (1963–1976 гг.) перенес резиденцию в Москву, и в 1966 г. образовалась единая Новонахичеванская и Российская епархия с центром в Москве. Патриаршим указом 13 января 1997 г. из нее были выделены две епархии: юга России с центром в Краснодаре и Украины с центром во Львове (с 1976 г. епархию возглавлял архиепископ Тиран Кюрегян; в 2001 г. его сменил нынешний глава епархии Езрас Нерсесян). Русская православная и Армянская апостольская церкви всегда внимательно относились к вопросам двусторонних контактов, теплый характер которых оставался неизменным на протяжении всей истории межцерковных связей. В послевоенное время важным событием в церковной жизни стало подписание «Обращения Предстоятелей Русской, Грузинской и Армянской церквей к христианам всего мира» (5 августа 1950 г.). Этот документ, выработанный в ходе встреч в Тбилиси и Эчмиадзине Патриарха Московского и всея Руси Алексия I с Патриархом и Католикосом Грузии Каллистратом и Патриархом и Католикосом всех армян Геворгом VI, содержал призыв объединить усилия в борьбе за мир во всем мире.