В мае 1475 г. турецко-татарское войско захватило Кафу, где истребило десятки тысяч христиан. С этого времени начинается упадок армянской колонии в Крыму. За защитой от турецких и персидских бесчинств оставшиеся на родине армяне обращались к русскому престолу (Алексею Михайловичу, Петру I, Екатерине I). Но только Екатерина II в 1768 г. взяла армян под свое покровительство. Последним духовным предстоятелем крымских армян был вардапет Петрос Маркосян. В 1778 г. его паства переселилась из Крыма в Приазовье. Сразу после присоединения Крыма русское правительство всячески способствовало переселению крымских христиан (прежде всего, греков и армян) в малоосвоенные земли Новороссии. Среди переселенцев было 13 тыс. армян, которым в соответствии с императорской грамотой от 14 ноября 1779 г. предоставлялась для поселения обширная равнина на правом берегу Нижнего Дона, где 21 апреля 1781 г. был основан г. Нахичеван (с 1838 Нахичевань-на-Дону, ныне в черте Ростова-на-Дону). В 1787–1792 гг. здесь был построен монастырь св. Креста (Сурб Хач), при котором открылась армянская школа. В 1781 г. архиепископ Иосиф Аргутинский составил «Судебник», применявшийся в армянских общинах России до утверждения «Положения» 1836 г. Другим районом, привлекавшим армянских купцов и колонистов, было Поволжье. К XIII в. относятся упоминания армянской епархии в столице Золотой Орды г. Сарай-Бату, которая входила в подчинение Албанскому католикосу. В XIV в. армянская община переселилась в новую столицу Орды г. Сарай-Берке, где в 1370 г. появилась армянская церковь. Многие армяне переехали в Астрахань. Расширяя свои торговые связи, они старались через московские земли упрочить контакты с Амстердамом и другими городами Европы. В XVI в. из Москвы был налажен торговый путь, пролегавший через Тверь, Новгород, Ладогу, далее до Риги, Ревеля, а затем морем на Любек, Гамбург и Амстердам. Отношение к армянам в допетровской России было унаследовано от греков. В частности, Максим Грек в «Слове на армянское зловерие» называл их веру «богомерзкой ересью, от разных ересей сложенною и потому гнуснейшею». Армянам не дозволялось совершать богослужения, строить храмы и в то же время запрещалось общаться с православным духовенством, пока они не присоединятся к православной церкви через принятие нового крещения. В 60-х гг. XVII в. устанавливаются прямые контакты армянского купечества с царским двором. В конце XVII в. по благословению католикоса Акоба VI переговоры с русским правительством вел известный деятель армянского освободительного движения Исраэл Ори. В интересах расширения торгового и промышленного дела император Петр I начал призывать армян в Россию, обещая «честный армянский народ содержать в особливой милости». 11 марта 1707 г. в Посольский приказ было направлено распоряжение «О дозволении торговым армянам ездить из Москвы через Ругодив (Нарву) и Санкт-Петербург за границу, на каких судах они пожелают». 2 марта 1711 г. в Санкт-Петербурге Сенату был дан указ: «Армян как возможно приласкать и облегчить, в чем пристойно, дабы тем подать охоту для большего их приезда». Их стали принимать в православие «третьим чином» (через покаяние), были разрешены смешанные браки. В Астрахани в 1706 г. была построена первая армянская каменная церковь, а в 1717 г. образовалась первая на территории Российской империи епархия Армянской апостольской церкви (в середине XVIII в. Астраханская община временно признала юрисдикцию Албанского католикоса).