После закрытия в 1831 г. Виленского университета его богословское отделение указом от 1 мая 1832 г. было передано в ведомство Министерства внутренних дел для преобразования в духовное училище. В 1833 г. в результате его слияния с Главной семинарией была образована Римско-католическая духовная академия, просуществовавшая до 1842 г. На четырёхлетний курс набирались 60 духовных лиц из Виленской епархии, 40 из других епархий, семь служителей Армянской католической церкви. Содержалась за счёт средств упразднённого Виленского университета и средств, полученных от конфискации монастырской собственности в Польше. Подчинялась Министерству внутренних дел и Коллегии духовных дел в Санкт-Петербурге; находилась под непосредственным надзором виленского епископа. Присваивала степени кандидата (после трёх лет обучения), магистра и доктора. К магистерскому экзамену допускались особо одарённые студенты после написания ими двух работ на русском и латинском языках. На докторскую степень могли претендовать магистры, представившие труд по теологии или каноническому праву на латыни и сдавшие специальный экзамен по русскому языку. Система преподавания в Римско-католической духовной академии послужила образцом для академий в Варшаве и Санкт-Петербурге. В 1839 г. без согласования с Римом Виленская академия перенесена указом Николая I в Санкт-Петербург. После конкордата 1847 г. между Россией и Римским престолом статус академии был закреплён de jurе, над ней был установлен надзор архиепископа Могилёвского и изменена система административного управления: руководство академией передано правлению в составе ректора, четырёх профессоров (двух духовных и двух светских) и прокуратора, обладавшего правом голоса в хозяйственных вопросах. При правлении действовала канцелярия, осуществлявшая сношения с Римской курией и епархиальными властями, т.к. со времени конкордата Санкт-Петербургская академия контролировала деятельность духовных семинарий Царства Польского. В канцелярии работали государственные чиновники, по большей части некатолики. В первые годы существования академия имела очень узкую специализацию – подготовка кандидатов на высшие католические духовные должности. Первоначально для обучения принимались сорок студентов, а после закрытия Виленской академии – 60. Обучение продолжалось четыре года. Поочерёдно присуждались степени студента, кандидата, магистра, доктора теологии, доктора канонического права.