В 1882 г. на основе устава Виленской академии был принят написанный ректором академии Ф.А. Симоном новый устав Санкт-Петербургской академии. По уставу в экзаменационную комиссию входили все преподаватели предметов, связанных с богословием, русской литературой и историей. Степень доктора теологии присуждалась на основании двух работ по теологии на латинском и русском языках и экзамена из 50 вопросов по Священному Писанию, догматическому и нравственному богословию и истории церкви. Степень доктора канонического права присуждалась на основании работы по праву и экзамена из 50 вопросов по каноническому праву и истории церкви. Двойную степень получали за обширную работу по теологическо-правовой тематике и успешную сдачу экзамена из 70 вопросов по Священному Писанию, догматической теологии, каноническому праву и истории церкви. В 1886 г. Рим дал согласие на утверждение архиепископом Могилёвским учёных степеней. В 1915 г. ректор Идзи Радзишевский издал предписание, изменившее структуру Санкт-Петербургской академии. Наряду с теологическим отделением было создано самостоятельное морально-правовое отделение. От претендентов на степень кандидата этого отделения требовалось написание работы на латинском языке, её защита и сдача экзамена из 15 вопросов. К магистерскому экзамену допускались только кандидаты; от них требовалось написание и защита исследования и сдача экзамена из 25 вопросов. Первым ректором Санкт-Петербургской академии был назначен бывший профессор Киевского университета Игнатий Головинский (1842–1855 гг.), считавший целью академии воспитание и обучение священников. Выработанная им система воспитания была основана на полной изоляции студентов от общества. Ректор А.К. Бересневич (1860–1864 гг.) добился возможности для выпускников Санкт-Петербургской академии продолжать обучение за границей. В 1887 г. был основан печатный орган Санкт-Петербургской академии – «Academia Caesarea Romano-Catholiса Есclesiastiса Petropolitana» («Санкт-Петербургская Императорская Римско-католическая духовная академия)». Ректор Ф.А. Симон поддерживал студенческие научные общества, положил начало встречам выпускников, на которых обсуждались проблемы духовного воспитания, народного образования и литературной жизни. Эти встречи были признаны незаконными, ректор сослан в Одессу (1897 г.). При ректоре Л. Жарновецком в Санкт-Петербургской академии были открыты новые кафедры: Нового Завета, пастырского богословия, христианской социологии.