Как и раньше, ему указали на то, что новое исповедание веры не является волей одного императора, но принято на Соборах епископов. Максим возразил, что, напротив, исповедание это было осуждено Римским собором. «Не имеет значения этот Собор, – говорили ему, – потому что он созван был без императорского повеления». Максим отвечал: «Если утверждаются только постановления Соборов, созванных по царскому повелению, то не может быть православной веры». Ему указывали на неполитичность его поведения, ибо в тот момент, когда империи грозит нашествие мусульман, он воздвигает церковный раскол, сеет смуты и волнения. Затем передали Максиму не приказ уже, но просьбу императора вступить с ним в церковное общение. Когда Максим отказал и в этой просьбе, к нему стали подступать уже с гневом и яростью, обращаться грубо, и после многих побоев и унижений вновь отправили в ссылку в Перверу, где он пробыл пять лет в тяжелом заключении.

В 660 г. Максима вновь привезли в Константинополь и стали добиваться того же. «Не огорчай императора, – говорили ему, – который ради мира Церкви повелевает молчать о вещах, которые порождают разногласие». «Я не могу прогневить Бога, – возражал Максим, – умалчивая о том, что Он повелевает признавать и проповедовать».

Видя, что Максим продолжает твердо держаться своих убеждений, судьи приказали жестоко бичевать его острыми воловьими жилами. Не добившись ничего, палачи, вытянув язык преподобного, отрезали его у самой гортани. Спустя некоторое время была отрезана у него и правая рука. Затем его сослали на Кавказ, в Аланию, и заключили в темницу в городе Шемари, где Максим, терпя постоянную нужду в самом необходимом, прожил еще три года.

В 680–681 гг. в Константинополе состоялся Шестой Вселенский собор по инициативе императора Константина IV Погоната (в переводе с греч. «погонат» – «бородатый»), который положил конец монофелитской ереси, признав православное учение о двух волях Христа, буквально повторявшее учение Максима Исповедника. Константин Погонат сразу после вступления на престол отправил к папе Домну просьбу прислать на Восток уполномоченных для обсуждения спорных вопросов. Домн умер, а его преемник Агафон медлил с ответом, желая сначала заручиться поддержкой западного епископата. Всюду стали собираться Соборы. В 680 г. в Рим съехалось 125 епископов. От их лица на Восток были отправлены депутаты с посланием, составленном в тоне самоуверенном и властном и отрицательно относившемся к монофелитству. Патриарх Византии Феодор, ссорившийся с Римом, был удален в 679 г., поэтому римские послы были приняты с почетом. Константин IV, отправляя письмо Домну, не думал созывать Вселенского собора, которому, на его взгляд, не благоприятствовало время, но после прибытия депутатов Запада отдал приказание созывать епископов, и Собор открылся в ноябре 680 г. на положении Вселенского. Таким образом, только нежелание ссориться с Римом заставило византийское православие покончить с монофелитской ересью.

Если всего лишь двадцать лет назад с монофелитством боролись только три монаха (Софроний, Максим Исповедник и его ученик Анастасий, также принявший мученическую смерть), то теперь монофелитство на Соборе энергично отстаивал только антиохийский патриарх Макарий с монахом Стефаном. Кроме того, был восстановлен мир с папством, нарушенный ссылкой папы Мартина I, а действующий папа, Агафон, отлучил от Церкви Гонория I за отступничество. На последнем заседании было зачитано заявление, что Собор «с распростертыми объятьями принимает представление святейшего и блаженного папы древнего Рима». Торжество Рима было гораздо более полное, чем на Халкидонском соборе. Анафеме были преданы несколько епископов, в том числе и «старец с детским и сумасбродным умом» Полихроний, который перед Собором хотел воскресить мертвеца в доказательство истинности монофелитства.