Аристобул последовал за ним и нанёс ему тяжкое поражение. Впрочем, вторжение римлян в итоге привело к потере Иудеей независимости. Когда Гней Помпей лично явился в Сирию (64 г. до н.э.), дела приняли такой оборот, какого совершенно не предполагал Аристобул. Золотая виноградная лоза, ценой в 500 талантов, которую Аристобул преподнёс Помпею и которая вызывала восторг римлян ещё в последующие века, не возымела должного влияния на Помпея, и когда в 63 г. до н.э. всё ещё враждовавшие между собой братья (равно как представители народной партии, желавшей полного устранения Хасмонейской династии) явились к нему с своими жалобами, римлянин отказался высказаться немедленно. Гней Помпей уже тогда задумал совершенно уничтожить независимость Иудеи. Аристобул вполне понял планы римского полководца, но, будучи бессилен оказать ему явное сопротивление, из чувства гордости не мог не показать вида, что относится ко всему происходящему спокойно. Аристобул расстался с Помпеем глубоко разгневанным и направился в крепость Александрион. Гней Помпей последовал за ним и потребовал сдачи всех укреплений. Аристобул сдался на капитуляцию, но немедленно поехал в Иерусалим, чтобы там приготовиться к дальнейшему отпору. Узнав, однако, что Гней Помпей и туда двинулся следом за ним, он окончательно струсил и лично явился в стан римлян. Здесь он обещал Помпею денег и согласился сдать Иерусалим, если военные приготовления будут прекращены. Но одними обещаниями ничего нельзя было добиться y Гнея Помпея. Он задержал Аристобула в лагере и послал своего легата Габиния с приказанием занять город. Партия войны в Иерусалиме отказалась от добровольной сдачи, и тогда Аристобул был оставлен в плену y Помпея, который немедленно приступил к осаде города. Взятие Иерусалима и Сиона положило конец как независимости Иудеи, так и правлению Аристобула. Во время устроенного Гнею Помпею в Риме (61 г. до н.э.) пышного триумфа еврейский царь и первосвященник был вынужден участвовать в шествии перед колесницей триумфатора. Фарисеи усмотрели в этом обстоятельстве справедливое возмездие Аристобула за его расположение к саддукеям, что нашло отражение в «Псалмах Соломона». В 56 г. до н.э. Аристобулу удалось бежать из римской темницы, приехать в Иудею и устроить там восстание. Он снова попал в руки врагов и был вторично отвезён в Рим. В 49 г. до н.э. Юлий Цезарь освободил Аристобула и послал его во главе двух легионов в Сирию против Гнея Помпея, но на пути туда он был отравлен сторонниками последнего.