16 ноября 1948 г. Среднеевропейский экзархат был упразднён, архиепископ Сергий стал правящим архиереем Берлинской и Германской епархии. В 1951 г. в Вене было учреждено благочиние, которое 16 ноября 1962 г. было преобразовано в епархию. Епископом Венским и Австрийским стал Филарет (Денисенко, впоследствии анафематствован). С конца 1964 г. по июнь 1966 г. Венской епархией управлял епископ Варфоломей (Гондаровский), с июля 1966 г. по октябрь 1967 г. – епископ Ионафан (Кополович). В октябре 1967 г. епископом Венским и Австрийским был назначен Мельхиседек (Лебедев), 25 июня 1970 г. – Герман (Тимофеев). Епископ Герман благословил совершение отдельных частей литургии и произнесение проповедей на немецком языке. С 3 сентября 1974 г. по 13 марта 1975 г. Венской епархией управлял епископ Викторин (Беляев). 13 марта 1975 г. архиепископ Баденский и Баварский Ириней (Зуземиль) был назначен архиепископом Венским и Австрийским, временно управляющим Баденской и Баварской епархией, окормлял Венскую епархию до 26 июля 1999 г. Решением Синода от 11 июня 1993 г. в состав Венской епархии был включён перешедший из юрисдикции Русской православной церкви за границей приход в городе Граце. В июне 1997 г. Венскую епархию посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, который совершил литургию в Свято-Николаевском соборе. В 1999 г. в епархии проходили торжества по случаю 100-летия со дня освящения собора. 29 декабря 1999 г. епископом Венским и Австрийским стал Павел (Пономарёв), в его управление было передано также Венгерское благочиние, 19 апреля 2000 г. преобразованное в Будапештскую и Венгерскую епархию, епископ Павел получил титул «Венский и Будапештский». 7 мая 2003 г. епископом Венским и Австрийским, временно управляющим Будапештской и Венгерской епархией, был назначен Иларион (Алфеев), одновременно исполняющий должность представителя РПЦ при европейских международных организациях в Брюсселе. На воскресном богослужении в Свято-Николаевском соборе присутствует 200–300, в праздники – до 1000 человек. При соборе действует воскресная школа и катехизические курсы для взрослых, есть кинолекторий. Начат капитальный ремонт храма, в ходе которого намечено строительство дополнительных классов для воскресной школы. В кладбищенском храме во имя св. Лазаря Четверодневного совершаются только заупокойные службы в дни поминовения усопших. Прихожанами храмов Венской епархии являются русские, украинцы, белорусы, молдаване, грузины, австрийцы, представители других национальностей. В связи со значительным увеличением числа эмигрантов из России и других стран бывшего СССР возможно в ближайшие годы создание приходов и в других городах Австрии. 31 марта 2009 г. временное управление епархией Священный Синод поручил епископу Егорьевскому Марку (Головкову; с 1 февраля 2011 г. – архиепископ). 22 октября 2015 г. Священный Синод назначил управляющим Венско-Австрийской и Венгерской епархиями епископа Тихона (Зайцева).