В 1392 г. подчинение Бдина Константинополю было закреплено поставлением на кафедру митрополита Иоасафа, который в 1394 г. перенёс из уже захваченного турками Тырнова в Видин мощи св. Параскевы-Петки (позже были переданы сербам) и мученицы Филофеи. Ухудшение отношений между правителями Тырнова и Бдина способствовали завоеванию Болгарии турками. В 1393 г. султаном Баязетом было взято Тырново, а в 1396 г. последним из болгарских городов был взят Бдин. В середине XV в. Бдин и прилегающие к нему придунайские районы и западные земли (современные северные районы Сербии) были объединены в Видинский санджак. С падением государственной независимости в церковной, духовной и общественной жизни наступил упадок. По сохранившимся нескольким письмам, связанным со спором между Охридом и Константинополем по поводу присоединения Видина к Охридской архиепископии, исследователи предполагают, что в начале XV в. Видин, как и София, на непродолжительное время был присоединён к Охриду. Константинопольская патриархия назначала на кафедру греческих архиереев, которые вводили богослужение на греческом языке. Вновь было изменено наименование епархии на Видинская. Многие церкви и монастыри были сожжены, и почти все обители закрыты. В XV–XVIII вв. исследователям известно о строительстве в епархии одной церкви во имя св. Петки валашским господарем Матеем Басарабом (1634–1654 гг.) и по сохранившейся надписи на внутренней стене о реконструкции в 1633 г. кафедральной церкви во имя великомученика Пантелеимона в Видине, построенной в XII в. В конце XVIII – начале XIX вв. власть в Видинском крае была захвачена Осман-пашой Пазвантоглу, владычество которого было крайне жестоким. О тяготах духовенства и христианского населения в этот период исследователям известно из Жития Врачанского епископа Софрония, который в 1800–1803 гг. жил в Видине. Все города, сёла, церкви и монастыри Видинской и Врачанской епархий были разграблены, Софронию пришлось искать спасения в Крайове (Румыния). После смерти Османа Пазвантоглу положение не изменилось. Недовольство населения перерастало в восстания: в 1836 г. в Берковице, в 1850 г. в Видинской, Ломской, Белоградчикской, в 1857 г. в Кульской околиях, которые проходили при поддержке местного болгарского духовенства, в том числе насельников Изворского и Чипровского монастырей. Раковицкий монастырь был центром восстания в 1850 г. Видинскую кафедру последовательно занимали митрополиты-греки. Религиозное образованию паствы уделялось мало внимания. Усиливалось греческое влияние: славянские книги были заменены на греческие, действовали лишь греческие училища. Некоторые митрополиты были мало образованы и рукополагали неграмотных священников только ради получения платы за хиротонию. Имена епископов Видинской кафедры за XV–XVI вв. не сохранились, а их список XVII–XIX вв. крайне неполный. Последнего из них, митрополита Паисия, Константинополь был вынужден в начале 1868 г. отозвать из-за народных волнений.