В результате деятельности М. Мороза и протоиерея В. Липкивского сторонникам автокефалии переданы большевиками и зарегистрированы как украинские приходы киевские храмы: Николаевский военный собор на Печерске, Софийский собор, Андреевская, Ильинская, Петропавловская церкви; служба в них совершалась на украинском языке. Из-за конфликта с епископатом ВПЦР до «Первого Всеукраинского Православного Церковного Собора УАПЦ» не могла найти никого, кто согласился бы поставить будущих епископов УАПЦ. Обращения к архиепископам Парфению (Левицкому), Агапиту (Вишневскому), Грузинскому католикосу-патриарху Леониду оказались безрезультатными; созванный 22–26 мая 1921 г. церковный собор Киевщины также не решил вопрос об институализации этой церкви. ВПЦР разослала уполномоченных на места для организации приходских собраний и избрания делегатов на «Первый Всеукраинский Православный Церковный Собор УАПЦ». Собор прошёл 14–30 октября 1921 г. в Киеве, в соборе Святой Софии, по регламенту и инструкциям, разработанным предсоборными совещаниями ВПЦР в августе-сентябре 1921 г.; на нём принят свод канонов для УАПЦ («Киевские каноны»). На Соборе неканоническим способом был рукоположён «митрополит» Василий Липкивский, хиротонию которого совершили не епископы, а пресвитеры, диаконы и миряне – участники заседания. От него, в свою очередь, получили «поставление» другие «епископы» (отсюда бытовавшее в народе название приверженцев УАПЦ «самосвяты»). Главные этапы внутренней жизни УАПЦ (легализована с момента утверждения 10 декабря 1926 г. «Устава Всеукраинского объединения религиозных общин УАПЦ») связаны с изменениями в ВПЦР и её президиуме. Согласно «Киевским канонам» ВПЦР являлась исполнительно-административным органом УАПЦ, её собрания проходили ежегодно на «Николая весеннего» – Большое Николаевское собрание (Великi Микiльськi Збори) и на Покров – Большое Покровское собрание (Великi Покрiвськi Збори). Президиум ВПЦР должен был переизбираться каждый год, что, как правило, не исполнялось. Помимо главы ВПЦР протоиерея М. Мороза с 23 октября 1921 г. организацией руководил на правах почётного главы «митрополит Киевский и всей Украины» В. Липкивский. 25–30 мая 1924 г. на Большом Николаевском собрании М. Мороза освободили от церковной деятельности. Избранный вместо него главой ВПЦР протодиакон Василий Потиенко смещён с должности вследствие так называемого кризиса 1926 г.: 31 июля весь состав ВПЦР был арестован, но вскоре освобождён, помещение на Владимирском подворье Софийского монастыря в Киеве опечатано. Главой ВПЦР Большим собранием 25–30 октября 1926 г. избран «епископ» Пётр Ромоданов, «вторым Всеукраинским Православным Церковным Собором УАПЦ» 17–30 октября 1927 г. – протоиерей Леонтий Юнаков, ставший последним руководителем Рады. 28 января 1930 г. на первом Чрезвычайном ликвидационном церковном Соборе УАПЦ «митрополит» Николай Борецкий и епископы подписали акт о самоликвидации этой церкви. В декабре 1930 г. восстановлена деятельность украинских приходов под названием «Украинская Православная Церковь» и ВПЦР, в которую вошли только «митрополит» (глава) и два «священника» (казначей и секретарь). ВПЦР фактически прекратила своё существование в 1937–1938 гг., после ареста и репрессий, распространившихся на деятелей УАПЦ. В годы Второй мировой войны, во время немецкой оккупации Украины в конце сентября 1941 г., восстановлена деятельность УАПЦ во главе с епископом Поликарпом (Сикорским) и ВПЦР по управлению её ячейками.