При голосовании за автокефалию высказалось лишь три делегата. Проблема взаимоотношений священноначалия и Министерства исповеданий неоднократно обсуждалась на третьей сессии. 7 ноября в ответ на запрос группы делегатов митрополит Антоний доложил, что министерство вместо исполнения функций посредника между церковью и государством пытается вмешиваться в дела церковного управления, высказался против нового Устава Киевской духовной академии (академия изъята из ведения митрополита Киевского и высшей церковной власти и передана министерству) и других инициатив Министерства исповеданий. В тот же день митрополит обратился к председателю Совета Министров Украины с резким письмом по поводу деятельности министерства и министра. Собор постановил обратиться к правительству с запросом относительно причин, по которым Министерство исповеданий не признаёт в лице Киевского митрополита единственного представителя церкви и проводит реформы без ведома священноначалия, поддержал требование митрополита Антония об освобождении министерством помещений Киевского митрополичьего дома (владыка отмечал: особо нетерпимо то, что работающие в министерстве клирики носят мирскую одежду и бреют бороду) и принял решение о скорейшем введении в действие Положения о Высшем церковном управлении на Украине. Во исполнение его Собор епископов Украины 7 декабря уведомил о начале работы епархиальной консистории. 18 ноября «Урядовая комиссия» предложила чётко разграничить сферы деятельности священноначалия и Министерства исповеданий, сосредоточив в министерстве дела, связанные с инославными и иноверными конфессиями, и сохранив в православном департаменте лишь отдел, ответственный за вопросы материального обеспечения духовенства. Вопрос о взаимоотношениях православной церкви с гетманским правительством был тесно связан с проблемой окормления православных верующих в Галиции и на оккупированных территориях Холмщины и Волыни. Собор постановил просить у правительства содействия в организации архипастырских поездок митрополита Антония в эти области и выразил протест против предпринимаемых в западных областях Украины репрессивных мер против православного духовенства и верующих. Было решено создать братство под патронатом Киевского митрополита для противодействия унии, защиты православных Западной Украины и организации помощи православным беженцам из этих областей, а также выделить материальную помощь священнослужителям-беженцам и пострадавшим от военных действий епархиям. На заседании Собора 12 декабря, которое посетил гетман П.П. Скоропадский, принято решение об избрании митрополита Киевского и других православных архиереев Украины на Всеукраинском Церковном Соборе с последующим утверждением Патриархом Московским и всея Руси и информированием Правительства Украины; власти Украины не получали права вето по данным вопросам. Собор вновь подчеркнул, что православная церковь является первенствующей конфессией на Украине и имеет соответствующий юридический статус. Экономическая комиссия во главе с епископом Никодимом (Кротковым) рассмотрела и после внесения незначительных поправок 10 декабря одобрила проект Министерства исповеданий об окладах клирикам, разработала «Положение о пенсиях духовенству», приняла решение направить трёх делегатов в Министерство земледелия для отстаивания церковного землевладения.