К архиепископу часто приезжали священнослужители, жаловавшиеся на невыносимые условия, в которые поставила их советская власть, и просившие благословения оставить священнослужение и пойти на светскую работу; таким Варлаам настоятельно советовал терпеть до конца и службы не оставлять. Он окормлял бывших насельниц закрытых монастырей. Многие из его духовных чад в Вологде, Житомире, Гомеле, Орле и других городах, объединившись по два – три человека, селились в одной квартире и вели монашеский образ жизни. В Вологде под руководством Варлаама были созданы небольшие монашеские общины под управлением бывшей игуменьи женского монастыря в Орле Евгении (Тимашевой), игуменьи Серафимы (Чичаговой), бывшей насельницы женского монастыря в Риге, дочери митрополита Серафима (Чичагова). Варлаам наставлял своих духовных детей в письмах, которые доставлялись до адресатов членами тайных общин. Архиерей рекомендовал своим духовным чадам не участвовать в общественной жизни, не читать советской литературы, не посещать кинотеатров, театров, регулярно бывать в храме, больше молиться, читать религиозную литературу. Варлаам составлял для своих духовных чад подборки поучений и выписок из имевшихся у него святоотеческих книг, эти подборки («О любви и дружбе», «Как сохранить веру», «Краткие правила жизни» и др.) переписывались его вологодскими последователями. Архиерей стремился поддерживать репрессированных за веру: в 1937 г. послал одну из духовных дочерей в Сыктывкар для помощи сосланному бывшему Вологодскому епископу Стефану (Знамировскому), помогал деньгами и вещами епископам Варсонофию (Лузину), Евгению (Кобранову), Иоасафу (Удалову), протоиерею Константину Гриневичу (впоследствии архиепископ Варсонофий), игумену Корнилию (Афанасьеву) и многим другим. 11 ноября 1940 г. Варлаам был арестован в Вологде, заключён во внутреннюю тюрьму УНКВД. При обыске у него были изъяты 330 книг, обширная переписка, архиерейское облачение и др.; книги были уничтожены сразу, все остальные предметы – после окончания следствия. Варлаам обвинялся в том, что создал и возглавил на территории Вологодской области «широкоразветвлённую контрреволюционную организацию церковников... Главной целью их была непримиримая борьба с советской властью с целью свержения её и восстановление монархического строя». 26 августа 1941 г. судебная коллегия по уголовным делам Вологодского областного суда приговорила Варлаама к расстрелу, постановлением Президиума Верховного Совета СССР от 25 ноября 1941 г. расстрел был заменен на десять лет исправительно-трудовых лагерей. Варлаам скончался в тюрьме № 1 Вологды.