4 августа 1942 г. митрополитом Волынским и Житомирским Алексием (Громадским), возглавлявшим автономную УПЦ, назначен епископом Полтавским и Лубенским. Благодаря усилиям Вениамина был восстановлен полтавский в честь Воздвижения Креста Господня женский монастырь, открыты несколько десятков приходов. В сентябре 1943 г. архиерей был принудительно эвакуирован немцами в Германию, но бежал, спрыгнув с поезда, и добрался до Почаевской лавры. 18 мая 1944 г., вскоре после освобождения Волынского края от фашистских войск, Вениамин был арестован в Почаеве «за сотрудничество с оккупантами», заключён в тюрьму № 1 УНКГБ по Киевской области. Виновным себя не признал. 21 октября военным трибуналом УНКГБ по Киевской области был приговорён к 15 годам исправительно-трудовых лагерей. Решением трибунала от 12 июля 1955 г. срок наказания ему был сокращён до десяти лет, и 15 августа 1955 г. Вениамин был освобождён из Севлага в Магаданской области, направлен на жительство в посёлок Ат-Урях Ягоднинского района Магаданской области, работал бухгалтером в гражданском учреждении. 11 сентября 1956 г. получил предварительное разрешение «отбыть в распоряжение Московской Патриархии», с 15 сентября пребывал на покое в Троице-Сергиевой лавре. 22 ноября 1956 г. Вениамин был назначен епископом Омским и Тюменским, часто посещал приходы Западной Сибири, сумел воспрепятствовать разрушению собора и ансамбля архиерейского дома в Тобольске, пожертвовав на их реставрацию деньги из епархиальных средств. 20 февраля 1958 г. возведён в сан архиепископа. 21 февраля 1958 г. переведён на Иркутскую и Читинскую кафедру с поручением временного управления Владивостокской и Хабаровской епархией, пытался противостоять усилению антирелигиозной кампании. 11 мая 1963 г. награждён правом ношения креста на клобуке, в 1966 г. – орденом св. Владимира первой степени. В 1970 г. являлся членом Комиссии Священного Синода по подготовке Поместного собора Русской православной церкви 1971 г., внёс предложение о пересмотре решений Архиерейского собора 18 июня 1961 г., лишавших настоятелей права самостоятельного управления приходами. Несмотря на противодействие органов власти, много ездил по епархии, часто служил, уделяя большое внимание формированию хоров и благолепию богослужений. В конце 1960 гг., во время очередного объезда епархии, подвергся радиоактивному облучению, после чего у него началась лучевая болезнь. 31 мая 1973 г. Вениамин был назначен архиепископом Чебоксарским и Чувашским. Превозмогая тяжёлое состояние здоровья, на новой кафедре продолжал активную деятельность, его стараниями был отреставрирован кафедральный Введенский собор, приобретён дом для Чебоксарского епархиального управления, во всех приходах епархии замещены вакантные священнические места. Отпевание Вениамина 18 октября 1976 г. возглавил архиепископ Куйбышевский и Сызранский Иоанн (Снычёв). Погребён у левого клироса во Введенском кафедральном соборе города Чебоксары.