Низложение Василия Шуйского и его пострижение произошли вопреки ясно выраженной воле патриарха. Суздальский, Тверской и Вологодский архиепископы из-за угроз расправы были вынуждены принести присягу Лжедмитрию II после занятия их епархий войсками самозванца. Суздальский архиепископ Галактион был вызван к Лжедмитрию II в Тушино по обвинению в измене и от пережитых потрясений скончался на обратном пути, Тверской архиепископ Феоктист был убит при попытке бегства из ставки самозванца. Ростовский митрополит Филарет (Романов) после захвата тушинцами Ростова был доставлен к Лжедмитрию II и согласился стать патриархом – главой церкви во владениях самозванца (в этом проявились враждебные отношения, существовавшие между Филаретом и Василием Ивановичем Шуйским с начала его правления). После выхода в свет работы Сергея Фёдоровича Платонова (1860–1933 гг.) о Смуте в отечественной литературе прочно утвердилось представление о Василии Шуйском как о ставленнике группы аристократических родов, который отстаивал их интересы и потому был непопулярным среди более широких кругов дворянства (по мнению исследователей, это определение нуждается в некоторых поправках). В настоящее время доказано, что Василий Иванович Шуйский достаточно широко давал «московские» чины, а в ряде случаев, как раньше и Иван IV Грозный, даже назначал в Думу представителей сравнительно незнатных родов, пытаясь превратить их в опору своей власти. Эта политика не привела к прочным результатам. Поддержки широких кругов дворянства Василий Иванович Шуйский не добился, а отношения с рядом знатных родов были испорчены. В сочинениях современников Смуты достаточно часто встречаются критические оценки его способностей как государственного деятеля. Василия Шуйского порицали за скупость при раздаче наград, за частые расправы, жертвами которых становились невинные люди, за поощрение доносчиков; отмечались и такие неблаговидные личные черты, как «блуд» и пьянство. Современники осуждали и занятия царя, предосудительные с христианской точки зрения: его частые обращения за предсказаниями будущего к «чародеям», которых поселили у царских палат. Эти сообщения нарративных источников подтверждаются свидетельством списка сторонников царя, составленного после его низложения, где указывается, что стольник Иван Васильевич Измайлов «был у Шуйского у чародеев и у коренщиков». Василия Шуйского порицали также и за изъятие церковных ценностей. По сведениям келаря Троице-Сергиева монастыря Авраамия (Палицына), после окончания осады монастыря царём были взяты из казны обители свыше 20 тыс. руб., а затем и хранившиеся там золотые и серебряные сосуды.