Кафедральным храмом Байкинского викариатства являлась Михаило-Архангельская церковь в селе Байки. Исследователи полагают, что Вениамин оставался «без дел управления», поскольку церковными вопросами Бирского кантона в отсутствие епископа Трофима (Якобчука) ведал викарный Давлекановский епископ Иоанн (Поярков). В то же время Вениамин сыграл важную роль в организации отпора обновленцам на территории Уфимской епархии, о чём свидетельствует информационная сводка шестого отделения Секретного отдела ОГПУ «О состоянии православных церковников по С.С.С.Р. на 1 января 1924 года». В сводке об Уфимской губернии сказано: «Обновленческое движение развивается слабо... Тихон(овский) еписк(оп) Вениамин и игуменья Христиния, которая находится в монастыре «Кустики», ведут упорную борьбу с обновленцами, для выполнения этого дела Вениамин посвящал в священники богатых мужиков. В настоящее время в г. Уфе собралось 4 тихонов(ских) епископа Иоан(н), Марк, Вениамин и Борис, которые среди верующих в общей сложности пользуются значительным авторитетом, и которые из себя представляют ядро фанатиков, с яростью защищающих старую церковь». Для противостояния обновленчеству Вениамин рукополагал в священный сан верных православной церкви мирян, писал воззвания к верующим, в которых разъяснял суть обновленчества и положение церкви (в докладной записке в Башкирское ОГПУ от 20 июня 1923 г. перечислены имена священников, распространяющих воззвания, – «Пояркова, Трофима, Вениамина и других»). В 1924 г. Вениамин был арестован, препровождён в Уфу, вскоре освобождён по старости. 16 марта 1926 г. Вениамин вместе с другими Уфимскими епископами подписал постановление «О поставлениях, совершённых епископом Андреем после смерти Патриарха для Уфимской и Златоустовской епархий», в котором были признаны неканоничными епископские хиротонии Питирима (Ладыгина), Антония (Миловидова) и Руфина (Брехова), совершённые архиепископом Андреем (Ухтомским) в ссылке в городе Теджен (Туркмения) вместе с Нижнетагильским епископом Львом (Черепановым). В 1926 г. Вениамин ушёл на покой, жил в Георгиевском монастыре, преобразованном в монашескую «сельхозартель». В сентябре 1928 г., после расформирования «артели», старый и почти слепой архиерей по приглашению верующих переехал в Байки. Позже на допросе о своей жизни в это время он сказал, что «периодически по просьбе священников исполнял в церкви богослужение… Я живу в Байках на милостыню верующих. Дохода никакого не имею и только жду конца своей жизни». Вениамин был арестован 14 ноября 1929 г., заключён в Бирский кантонный исправдом. Поводом для ареста епископа и священника Михаило-Архангельского храма Александра Яковлева послужила «неделя необычного говения», якобы объявленная ими во время «недели коллективизации» в связи с предполагаемым закрытием храма. Владыка обвинялся в том, что по приезде в Байки «усердно занялся восстановлением религиозных чувств среди крестьянства», что привело к «срыву коллективизации», в «систематической антисоветской агитации... противодействии мероприятиям соввласти». Вениамин виновным себя не признал. 26 февраля 1930 г. тройка при Полномочном представительстве ОГПУ в БАССР приговорила его к пяти годам исправительно-трудовых лагерей с заменой лагеря высылкой в Северный край на тот же срок. 7 апреля 1934 г. Вениамин был досрочно освобождён по инвалидности, однако сведений о возвращении его в Уфимскую епархию у исследователей нет. По их мнению, он умер вскоре после освобождения, возможно, ещё в ссылке (досрочно освобождали иногда безнадёжно больных или умирающих осуждённых). Невероятным исследователям представляется сообщение митрополита Мануила (Лемешевского) о том, что в 1956 г. Вениамин жил в Якутской АССР. Вениамин был реабилитирован 31 июля 1989 г.