В 1764 г. Важский монастырь был закрыт, храм обращён в приходской, насельники переведены в Шенкурск, в упразднённый Троицкий женский монастырь. В 1782 г. на месте обветшавшей Свято-Духовской церкви поставили деревянный храм с таким же посвящением. Это было прямоугольное в плане здание на высоком подклете с четырёхскатной кровлей, центральная часть с алтарём была построена как восьмерик на четверике, верх представлял собой редко встречающееся восьмигранное кубоватое покрытие в три яруса, над которым возвышался небольшой глухой барабан с луковичной главой. В 1802 г. по грамоте Архангельского и Холмогорского епископа Евлампия (Введенского) на новом месте к юго-востоку от Свято-Духовской церкви заложили каменный храм с главным престолом во имя апостола Иоанна и приделами во имя Варлаама Важского и в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» (освящён в 1809 г.). Над папертью церкви построили каменную колокольню. В 1821 г. деревянная церковь апостола Иоанна была разобрана, в том же году над местом захоронения Варлаама Важского или неподалёку поставили деревянную часовню (возобновлена в 1894 г.); в XIX – начале XX вв. в часовне стояла медная посеребрённая рака под балдахином. В день памяти Варлаама ежегодно совершался крестный ход из Шенкурска в приход апостола Иоанна Богослова к часовне. Постановлением Архангельского губернского исполкома от 20 июня 1929 г. церковь апостола Иоанна была закрыта, как «грозящая обвалиться», колокола подлежали сдаче в Государственный фонд колоколов. 25 июня власти сделали попытку снять колокола, но им воспрепятствовали прихожане, собравшиеся к церкви по набату. Прихожанами руководили Лука Сергеевич Долгобородов (заместитель церковного старосты, потомок Варлаама Важского) и Гавриил Павлович Мелкий (заместитель председателя совета общины верующих), прихожан поддержал священник Артемий Власов, служивший в соседней церкви и окормлявший приход апостола Иоанна Богослова. Для подавления сопротивления была вызвана милиция, 26 июня колокола с храма были сняты. Решением особого совещания коллегии ОГПУ от 3 сентября 1929 г. Л.С. Долгобородов был осуждён на три года заключения в Соловецком лагере особого назначения (СЛОН), Г.П. Мелкий – на три года ссылки в Сибирь, священник Артемий – на один год исправительно-трудовых лагерей. В 1929 г. в часовне Варлаама было устроено зернохранилище колхоза имени Кирова, в здании Свято-Духовской церкви – школа. В 1949–1950 гг. разобрали каменный Иоанновский храм, в 1998–1999 гг. рухнула Свято-Духовская церковь. К 2003 г. сохранилась часовня над местом захоронения Варлаама.