Издал на коми-пермяцком языке азбуку, Литургию Иоанна Златоуста, Закон Божий, а также брошюры, листовки, плакаты на религиозные, краеведческие, санитарно-гигиенические темы. Писал статьи для журналов «Пермские епархиальные ведомости», «Исторический вестник», «Записки общества изучения Севера», «Труды Пермской губернской ученой архивной комиссии», «Уральская жизнь». Я.В. Шестаков собирал фольклор Прикамья, под псевдонимом Яков Камасинский опубликовал этнографические очерки «Около Камы» (1905 г.). Во время одной из поездок по епархии нашёл в верховьях реки Камы племя, «не просвещённое христианской верой». В начале ХХ в. Я.В. Шестаков впервые обратил внимание общественности на проблему сохранения культурного наследия Прикамья и памятников церковной старины. Для этой цели предложил создать Пермский епархиальный церковно-археологический комитет, в 1909 г. издал проект его устава. Пермское церковно-археологическое общество было организовано 17 октября 1912 г., но в это время Я.В. Шестаков уже постоянно жил в Санкт-Петербурге (с 1909 г.), формально оставаясь заштатным священником церкви села Кудымкорского. В 1909–1913 гг. работал в цензурном комитете Святейшего Синода. Я.В. Шестаков много путешествовал по русским городам, встречался с известными людьми, собирал факты и описывал события, очевидцем которых был. Эти записи и впечатления стали материалом для воспоминаний Я.В. Шестакова «Летопись отца Иакова Компинского». Он был прототипом героя романов Михаила Андреевича Осоргина «Свидетель истории», «Книга о концах» и очерка «Отец Яков». У писателя, вероятно, было несколько тетрадей, в которых Я.В. Шестаков записывал воспоминания и которые оставлял на хранение у друзей. При создании литературного портрета Я.В. Шестакова М.А. Осоргин, скорее всего, использовал эти тексты. Я.В. Шестаков неоднократно посещал Соликамск, дружил с настоятелем Богоявленской церкви протоиереем В. Боголюбовым, который проживал в этом городе. Сотрудничал с краеведческим отделом Педагогического музея (ныне его фонды находятся в Соликамском краеведческом музее), по заказу отдела написал «Исторический путеводитель по Соликамску» (1917 г.). В декабре 1918 г. в Соликамске Я.В. Шестаков был арестован красноармейцами вместе с протоиереем В. Боголюбовым. По свидетельствам современников, протоиерея В. Боголюбова отпустили по просьбе красноармейцев, уроженцев деревни Тверитиновой Соликамского уезда, входившей в приход Богоявленской церкви. Я.В. Шестакова вывезли за 10 верст от села Хохловка Оханского уезда, расстреляли и добили штыками. Сохранились свидетельства, что он был похоронен на Хохловском кладбище. Прославлен архиерейским юбилейным Собором 2000 г.