Подстрекаемый иезуитами, Пий IX неожиданно для либералов, в апреле 1848 г. выступил с «Обращением», осуждавшим борьбу с Австрией. Папа был объявлен предателем, а на премьер-министра Росси было совершено удачное покушение. Пий IX был вынужден запереться в Квиринале, а 24 ноября, опасаясь возмездия карбонариев, тайно бежал из Рима в Гаэту близ Неаполя (в сопровождении своей любовницы и ее мужа, агента австрийского двора). В Гаэте к нему присоединилось большинство кардиналов. Рим оказался в руках революционеров, 9 февраля 1849 г. провозгласивших республику. 18 февраля папа обратился за помощью к Франции, Австрии, Испании и Неаполю с призывом к интервенции в республику. На призыв откликнулись Неаполитанское королевство, Австрия и Франция. Наполеон III (1852–1870 гг.), племянник Наполеона I Бонапарта (1804–1815 гг.), рассчитывал, что это обеспечит ему поддержку церкви и крестьянства. Уже 29 июня 1849 г. французская армия генерала Удино захватила мятежный Рим, а 12 апреля 1850 г. Пий IX вернулся в свои владения под охраной французского экспедиционного корпуса, что надолго подорвало авторитет понтификата. Начало нового правления ознаменовалось декретом, запрещавшим все политические объединения, свободу печати, и восстановлением смертной казни для политических заключенных. Более поздний консерватизм Пия IX способствовал распространению среди европейских католиков крайне консервативных взглядов (ультрамонтанизм). Папа инициировал процесс централизации католицизма наряду с ограничением полномочий национальных церквей. Наряду с чисто духовным догматом о «Непорочном зачатии» (1854 г.) он издает «Силлабус» (1864 г.), т.е. перечень «главных заблуждений», в котором приведены 80 «заблуждений» (натурализм, либерализм, протестантизм, социализм, коммунизм, свобода нации и философии, принципы свободы совести и отделение церкви от государства и т.д.), подлежащих осуждению. Статс-секретарем был назначен кардинал Антонелли. Последующие годы прошли под знаком непрерывной борьбы с революционерами и королем Сардинии Виктором Эммануилом, стремившимся к объединению Италии. Агенты, действовавшие во многих городах Папского государства, агитировали людей за объединение страны. Тем временем, сардинско-французская армия нанесла поражение Австрии при Мадженте, и папский престол лишился последнего политического союзника. В 1860 г. Виктор Эммануил потребовал аннексии Умбрии и Марке. После отказа папы эти области были захвачены силой, а после двух поражений папской армии при Кастельфидаро и Анконе в сентябре 1860 г. под властью Пия IX остался лишь Рим и его непосредственные окрестности. Наконец, 20 сентября 1870 г. был захвачен и он. Рим стал столицей объединенной Италии, а светская власть папы была ликвидирована. «Закон о гарантиях» от 15 мая 1871 г. обещал ему личную независимость, ежегодное содержание в размере 3 млн. лир и право экстерриториальности папских дворцов. Этот закон не был признан ни Пием IX, ни его преемниками. Однако потеря суверенитета Папского государства была лишь одним из многих испытаний, постигших Пия IX за время его длительного понтификата. Едва ли была хоть одна страна, где не были бы ущемлены права Римской церкви. По Конкордату 1841 г. с Сардинией была отменена десятина, образование стало полностью светским, церковное имущество конфисковано, ордены распущены, а выступавшие против этого епископы брошены в тюрьму или высланы из страны. Более успешные для церкви Конкордаты с Вюртембергом и Баденом были аннулированы. Наиболее враждебным к Риму немецким государством оказалась Пруссия. С 1873 г. правительство Бисмарка начало проводить антикатолические мероприятия, объединенные понятием «Культуркампф» («Борьба за культуру»). В частности, были приняты законы о гражданском браке и об изгнании иезуитов. Особенно больно «Культуркампф» ударил по духовенству бывших польских земель.