Приблизительно в это же время Томмазо Морозини был обвинён франками в растрате сокровищ храма Святой Софии и разграблении их церквей, однако Томмазо Морозини удалось оправдаться. Томмазо Морозини участвовал в переговорах с Римом о церковном подчинении некоторых спорных территорий: несмотря на то что ему не удалось восстановить церковную юрисдикцию Константинополя над Кипром (август 1206 г.), он сумел пресечь попытки Патрской архиепископии перейти в прямое подчинение Риму в ноябре 1209 г. 20 августа 1206 г. Томмазо Морозини короновал императором Генриха I Фландрского (1206–1216 гг.). Эта церемония стала поводом к обострению противостояния между Томмазо Морозини, греческим населением Константинополя и венецианским подеста. Для церемонии коронации Томмазо Морозини потребовал почитаемый образ Пресвятой Богородицы «Одигитрии», находившийся в распоряжении латинского императора, но который могли еженедельно использовать для православного богослужения греки. После коронации Томмазо Морозини отказался возвращать икону грекам, пока они не станут совершать его поминовение на литургии. Греки ответили отказом, и Томмазо Морозини попытался запретить богослужение по греческому обряду по всему городу, но встретил сопротивление венецианского подеста Марино Дзено, который потребовал, чтобы между Томмазо Морозини и православными была проведена богословская дискуссия. Диспут состоялся 30 августа в резиденции Томмазо Морозини, с православной стороны выступал Николай Месарит, оставивший запись спора. После диспута Марино Дзено пожелал завладеть образом Пресвятой Богородицы, из-за которого начался конфликт. Томмазо Морозини ответил отказом, и тогда венецианцы ворвались в Святую Софию и, несмотря на то что сам Томмазо Морозини в этот момент был в храме и подвергал их анафемам, похитили образ и перенесли его в находившийся в их ведении монастырь Христа Пантократора. Томмазо Морозини обратился с жалобой на действия венецианцев к папе Римскому, Иннокентий III 13 января 1207 г. признал его правоту и подтвердил анафемы похитителям, однако образ оставался в монастыре Пантократора до 1261 г. В этом году его торжественно выносили при въезде в отвоёванную столицу императора Михаила VIII Палеолога. После смерти Томмазо Морозини во время поездки в Фессалонику летом 1211 г. Патриарший престол оставался вакантным до ноября 1215 г., когда на него был возведён архиепископ Гервасий (Жерве). Историк Никита Хониат описывает Томмазо Морозини как необычайно тучного человека среднего роста, который был всегда гладко выбрит, носил платье узкого покроя, перстень и иногда кожаные перчатки.