В 1136/1137 г. Михаилом I (II) была учреждена епископия в Смоленске (с кафедральным собором в честь Успения Пресвятой Богородицы), первым Смоленским епископом был поставлен грек Мануил. Это произошло по инициативе Смоленского князя Ростислава (Михаила) Мстиславича (сохранилась выданная им Учредительная грамота, или Смоленский устав). Территория Смоленской епархии была выделена из Переяславской. Переяславская кафедра стала вакантной в 1134 г. и не замещалась до 1140/1141 г., когда Михаил I (II) после долгого перерыва поставил Переяславского епископа Евфимия («Полное собрание русских летописей», том 2), что косвенно указывает на недовольство переяславских князей и духовенства решением Михаила I (II) о создании Смоленской епархии. В 1143 г. Михаил I (II) возглавил хиротонии епископов Черниговского Онуфрия и Полоцкого Космы, а в 1144 г. – Туровского Иоакима, до 1145 г. – Ростовского Нестора. 18 февраля 1139 г. в Киеве скончался князь Ярополк Владимирович, отпевание которого, по мнению исследователей, возглавил Михаил I (II). Князь был погребён в Андреевском (Янчине) монастыре. После того как его младший брат князь Вячеслав Владимирович занял княжеский стол в Киеве, к стенам города подступил князь Всеволод Ольгович Черниговский с братьями. Очевидно, под влиянием митрополита Вячеслав, «не хотя крови пролити, не бися с ними». Митрополит вновь выступил с посреднической миссией и, приехав в стан Всеволода, примирил князей, после чего Вячеслав оставил киевский стол («Полное собрание русских летописей», том 1, том 2), который перешёл от Мономашичей к Ольговичам, князем стал Всеволод Ольгович. С митрополитом могло быть согласовано освящение (Нифонтом?) во имя святых Бориса и Глеба новой деревянной церкви в южной части Новгородского детинца в 1146 г. Годом раньше Борисоглебская церковь появилась под Смоленском на Смядыни – месте мученической кончины святого Глеба. По мнению исследователей, активизация поминовения святых князей-страстотерпцев связана с миротворческим направлением церковной политики Михаила I (II), деятельным сотрудником и единомышленником которого был Новгородский епископ. В 1145 г. Михаил I (II) отправился в Византию, где, по мнению исследователей, скончался или сложил с себя сан митрополита, т.к. больше о его пребывании на Руси исследователям ничего не известно. Перед отъездом Михаил I (II) затворил для богослужения кафедральный собор, что заставляет исследователей думать о конфликте между митрополитом и княжеской властью. Причины отъезда митрополита остаются для исследователей неясными, поскольку источники о них умалчивают. Александр Васильевич Назаренко считает, что отъезд Михаила I (II) был следствием «жёсткого конфликта» между митрополитом и Киевским князем Всеволодом Ольговичем (по предположению исследователя, митрополит не хотел благословить организованное Всеволодом крестоцелование Игорю Ольговичу как своему преемнику на киевском столе). По мнению исследователя, непосредственной причиной конфликта было возобновление Переяславской кафедры явно в княжеских интересах и вопреки воле Михаила I (II), который упразднил эту епископию при создании Смоленской епархии.