20 ноября 1982 г. защитил в Ленинградской духовной академии диссертацию на соискание учёной степени кандидата богословия на тему: «Церковные реформы Петра I и их историко-критическая оценка». 28 декабря 1984 г. распоряжением митрополита Антония (Мельникова) назначен исполняющим обязанности ректора Ленинградских духовных школ. 2 марта 1986 г. освобождён от должности ректора Ленинградских духовной академии и семинарии по прошению в связи с болезнью (последствия тяжёлых травм при автомобильной аварии). В том же году стал настоятелем храма в честь иконы Божьей Матери «Тихвинская» в городе Тихвине Ленинградской области. В июне 1987 г. вновь назначен настоятелем Крестовоздвиженского собора Петрозаводска и благочинным церквей Олонецкой епархии. 20 июля 1990 г. в связи с восстановлением в Карелии самостоятельной архиерейской кафедры Мануил был назначен епископом Петрозаводским и Олонецким. 14 августа того же года патриарх Московский и всея Руси Алексий II (Ридигер) возглавил архиерейскую хиротонию Мануила в Крестовоздвиженском соборе Петрозаводска. 17 июля 1996 г. титул его был изменён на «Петрозаводский и Карельский». 25 февраля 2000 г. Мануил был возведён в сан архиепископа. К моменту восстановления самостоятельной епархии в Карелии насчитывалось всего пять действующих храмов. Благодаря архипастырским трудам Мануила здесь началось быстрое возрождение церковной жизни. За годы управления Мануилом Петрозаводской епархией было образовано больше 70 новых приходов, возрождено семь епархиальных мужских монастырей и женская обитель. В Петрозаводске в 2000 г. был освящён новый кафедральный собор во имя Александра Невского. Важной своей задачей Мануил считал подготовку священников из числа коренных народов Карелии – карелов и вепсов, поддерживал использование карельского языка в богослужении. 29 мая 2013 г. был назначен главой Карельской митрополии, 11 июля того же года возведён в сан митрополита. Был награждён церковными орденами святого равноапостольного князя Владимира третьей степени (1989 г.), преподобного Сергия Радонежского второй степени (2005 г.), преподобного Серафима Саровского второй степени (2010 г.). Имел государственные награды: орден Дружбы (2000 г.) и орден Почёта (2005 г.). Скончался после тяжёлой болезни. Отпевание Мануила 9 марта 2015 г. в петрозаводском кафедральном Александро-Невском соборе совершил Новгородский и Старорусский митрополит Лев (Церпицкий). Похоронен в Петрозаводске на Неглинском кладбище у северной стены часовни во имя преподобного Сергия Радонежского вблизи Екатерининской церкви.