Основная задача Б.П. Мансурова в период с 1860 по 1864 гг. сводилась к тому, чтобы обеспечить бесперебойное финансирование строительства на всех его этапах. 500 тыс. руб., выделенные императором для строительства, нельзя было получить единовременно. Выплаты из Государственного казначейства происходили в течение всего срока строительства и планировались на год вперёд. Количество средств, поступавших от кружечного сбора на устройство русских богоугодных заведений, организованного во всех церквах империи с 1858 г., согласно предложению Б.П. Мансурова, а также в качестве пожертвований, принимавшихся в Комиссариатском департаменте Морского министерства, было не столь значительно, как ожидалось. К началу 1864 г. стало понятно, что имевшихся средств хватит только на то, чтобы завершить строительные работы по возведению зданий и на оборудование всем необходимым помещений приютов и Духовной миссии. Обустройством главного русского собора в Иерусалиме (во имя Святой Троицы) предстояло заниматься по мере поступления средств. Последняя в рамках палестинского проекта поездка Б.П. Мансурова в Иерусалим состоялась зимой 1863/1864 гг. Работы на русских участках были окончены к 1 мая 1864 г., домовая церковь миссии во имя мученицы Александры была освящена 28 июня 1864 г. Между тем радикально изменилась ситуация с «петербургской вертикалью» управления русским делом на Востоке. 7 апреля 1864 г. Палестинский комитет по решению императора Александра II был внезапно преобразован в Палестинскую комиссию при Азиатском департаменте Министерства иностранных дел. Высочайшее решение об этом было объявлено председателем комитета А.В. Головниным 10 апреля. В состав комиссии должны были войти помимо Б.П. Мансурова директор Азиатского департамента Николай Павлович Игнатьев и директор духовно-учебного управления Синода князь Сергей Николаевич Урусов. 14 мая должно было состояться первое заседание комиссии – и этим же числом датировано резкое письмо А.В. Головнина к Б.П. Мансурову с требованием «немедленной» передачи дел и денег Палестинского комитета новоназначенной комиссии. Обиженный Б.П. Мансуров немедленно вышел из состава Министерства народного просвещения. Позже в порядке утешения он получит звание сенатора, но навсегда сохранит восприятие происшедшего «как своё личное поражение». С 1864 до 1884 гг. Б.П. Мансуров больше не имел возможности ездить в Палестину. В мае, после окончания строительства и сдаче на месте всех построек иерусалимскому консулу, вернулся в Санкт-Петербург архитектор М.И. Эппингер и (уже после упразднения Палестинского комитета) представил свой окончательный отчёт. Он был передан на ревизию в Строительное управление Морского ведомства и после утверждения лёг в основу сводного отчёта Б.П. Мансурова, который был, однако, сдан им в Государственный контроль лишь в конце ноября 1866 г.