В церковном законодательстве чётко зафиксирована возможность вхождения в церковь лиц всех рас и национальностей. С 1813 г. существует Методистское миссионерское общество. В основе церковной организации методистов – община, объединяющая верующих. Общины входят в состав округа, который возглавляет священник, называемый суперинтендентом (в неепископальных церквах) или епископом (в епископальных церквах). Общины состоят из групп верующих, называемых обществом или классом. Каждый такой «класс» состоит из 12–20 человек. Еженедельно под руководством старшего в группе проводятся встречи членов «общества», имеющие целью установить систему пасторского попечения, духовного окормления верующих и руководства прихожанами. Пасторы должны знать нужды каждого члена церкви. Руководитель «класса» обязан давать отчёт о каждом проведенном собрании своего «класса», о духовном состоянии подопечных; руководители «класса» образуют совет общины. Группа регулярно собирается для молений, методисты слушают проповеди и обсуждают духовное состояние каждого члена «класса» и обмениваются духовным опытом за истёкшую неделю. У методистов принято обязательное участие всех верующих в жизни церкви, в том числе в еженедельных церковных собраниях. Главная задача методистов – жить по законам христианской нравственности, и церковная организация помогает в этом своим членам. С течением времени устройство методистских церквей претерпело некоторые изменения: автократичный характер сменился представительным, в XXI в. конференции традиционно управляют методистскими церквами и объединениями. Высший руководящий орган – ежегодная конференция, которая объединяет отдельные общины в пределах определённого географического региона (например, штата или половины штата в США). Церковь или церковный район, состоящий из нескольких близко расположенных церквей (в США объединение церквей в районы не получило распространения), проводит ежеквартальные конференции, в которых участвуют принадлежащие к этой церкви или церковной группе миряне. Каждая церковь имеет совет, состоящий из мирян. В США ежегодные конференции объединены в территориальную конференцию, на ней выбирают и назначают епископов и членов церковного правления. В других странах эти функции берут на себя центральные конференции, они могут выполнять и дополнительные обязанности, а также определять степень своей автономности. Высший законодательный авторитет для методистов – Генеральная конференция; в компетенцию этого полномочного органа входят вопросы вероучения и мирской деятельности, он обеспечивает управление церквами. На конференциях регионального уровня, так же как и на Генеральной конференции, в равном количестве представлены и миряне и священнослужители. Высшей инстанцией в области церковного права является Судебный совет. В начале XXI в. к методистской церкви принадлежало около 75 млн. человек более чем в 130 странах мира. Объединённая методистская церковь в США избрала первую женщину-епископа в 1980 г.; в 2009 г. Р. Веннер из Объединённой методистской церкви в Германии стала первой женщиной-епископом методистской церкви за пределами США. Методисты всегда активно сотрудничали с другими церквами, методист Джон Рэлей Мотт считается одним из создателей Всемирного Совета Церквей. Методисты посылали официальных наблюдателей на второй Ватиканский Собор Римско-католической церкви. Переговоры с другими деноминациями по вопросам взаимного сотрудничества ведёт постоянная Комиссия по экуменическим делам. Почти все методистские церкви состоят в созданном в 1881 г. Всемирном методистском совете (штаб-квартира в Лейк-Джуналаска, штат Северная Каролина), который раз в десять лет созывает Всемирные методистские конференции.