В «Открытом письме к старообрядческим епископам Белокриницкой иерархии» епископ Андрей (Ухтомский) обвинил старообрядческих архиереев в нежелании вести диалог. В 1918 г. Мелетий разослал по приходам архипастырское послание в связи с публикацией 20 января декрета Совета народных комиссаров «О свободе совести, церковных и религиозных обществах». В послании среди прочего говорилось: «Осквернение исторических святынь, храмов и проч. священных предметов стало почти обычным явлением. Люди, получившие, по их мнению, свободу, употребляют её во зло... Это декрет не о свободе совести, а сатанинское издевательство над верующей душой русского народа... Мы должны защищать веру Божию и св. Церковь, отстаивая её вплоть до страданий, если бы которые и пришлось нам терпеть» («Голос Церкви». М., 1918 г., №2). Со второй половины 1918 г. по декабрь 1922 г. Мелетий находился в Донской епархии, территория которой до весны 1920 г. была занята войсками Антона Ивановича Деникина. В этот период обязанности Московского архиепископа исполнял епископ Александр (Богатенков). Освященный собор, который прошёл в мае 1922 г., постановил возвести его в сан архиепископа, если Мелетий не вернется. В конце года Мелетий приехал в Москву. В 1923 г. Мелетий вместе с Санкт-Петербургским и Тверским епископом Геронтием (Лакомкиным) выпустил «Архипастырское послание» с призывом к своей пастве быть лояльной по отношению к советской власти. В 1925 г. возобновилось проведение Освященных соборов на Рогожском кладбище, Мелетий был постоянным их председателем, возглавлял Совет при архиепископе. В 1920 гг. при деятельном участии Мелетия сохранялись старообрядческие епархии, поддерживалось функционирование приходов. Решения Соборов были направлены на противодействие идеологии безбожия, кадровое укрепление старообрядчества (организация пастырских курсов, выборы и рукоположение епископов и др.), укрепление благочиния, совершенствование церковного пения. В 1932 г. в связи с уголовным делом, возбуждённым против ряда московских старообрядцев, в квартире Мелетия был проведён обыск, архиепископ не пострадал. Мелетий был похоронен на Архиерейских могилах на Рогожском кладбище.