Имея резиденцию в Москве на Крутицах, Матфей регулярно участвовал в важных церковных событиях своего времени: выдаче соборной грамоты Троице-Сергиеву монастырю, по которой обитель Сергия Радонежского была поставлена старейшей в Русской церкви, а её настоятель был удостоен сана архимандрита (1561 г.); печаловании за князя Василия Михайловича Глинского (июль 1561 г.) и за князя Ивана Дмитриевича Бельского (апрель 1562 г.). 29 ноября 1562 г., когда митрополит Макарий принимал литовского посланника, «о левую сторону у митрополита сидел владыка Крутицкой». 1 января 1564 г. Матфей участвовал в отпевании Макария в московском Успенском соборе. Перед избранием нового предстоятеля Русской церкви в Москве проходил Собор, усвоивший право носить белый клобук митрополиту и скреплять грамоты красным воском. Имя Матфея в Соборной грамоте названо предпоследним среди иерархов. Хотя состав иерархов, избравших митрополита Афанасия (1564–1566 гг.), исследователям неизвестен, есть все основания говорить об участии Матфея в его избрании на митрополию. В 1564 г. митрополит Афанасий письменно обратился к Матфею во время событий, связанных с попыткой польско-литовских войск отбить Полоцк, занятый годом раньше русскими войсками: «Да много, сыну, челом бию и молю святительство твое, пожалуй подвигнися сугубо о сем настоящем времени, молити Господа Бога и Пречистую Богородицу и всех святых» («Акты археологической экспедиции», том 1; «Русская историческая библиотека», 1915 г., том 32. Архив Павла Михайловича Строева). В январе 1565 г., вскоре после введения Иваном IV Васильевичем опричнины, Матфей участвовал в делегации духовенства в Александрову слободу, просивших царя о прощении опальных. В 1564 г. Матфей сделал вклад в Кириллов Белозерский монастырь: «...Денег 173 рубля, да лошадей и платья на 22 рубля, всего на 195 рублей». 21 июля 1565 г. Сарский и Подонский владыка пожертвовал Троице-Сергиеву монастырю 50 руб. Ещё при митрополита Афанасии преемником Матфея по кафедре стал епископ Галактион (1565–1568 гг.). В связи с вкладом Матфея в «Кормовой книге» Кириллова Белозерского монастыря под 21 октября (очевидно, дата кончины Матфея) говорится: «Лежит у большой церкви в паперти, на правой стороне. На могилу собором ходят». Исследователи полагают, что Матфей оставил кафедру и удалился на покой в место своего пострижения.