Когда Матфей вернулся в Константинополь, исследователям еизвестно, его имя вновь появляется в документах Константинопольских Соборов с 1343 г. В 1347 г. Матфей встал на сторону противников учения Григория Паламы и был низложен, но весной 1350 г. принёс покаяние. Вскоре вновь примкнул к антипаламитам и был осуждён Константинопольским Собором 1351 г., на четвёртом заседании которого, согласно Никифору Григоре, его подвергли публичному унижению – разорвали одежды и вырвали волосы из бороды. После низложения Матфею разрешили остаться в столице, и он продолжал переписку с Никифором Григорой. Сочинения Матфея сохранились в нескольких списках, наиболее ценным исследователи считают кодекс, который является автографом Матфея. Кодекс дополнялся в течение многих лет по мере создания сочинений. Из сочинений Матфея религиозного и философского характера опубликована только речь на Воскресение Христово («L'ekphrasis per la festa di Pasqua». 1981 г.), имеющая большое значение для изучения народной религиозности в эту эпоху. Неизданными остаются такие тексты, как рассуждение о том, был ли человек создан смертным или бессмертным (между 1317 и 1321 гг.); толкование на сравнение Пресвятой Богородицы с серафимами; рассуждение об истинной и ложной мудрости; предисловие к собранию извлечений из пророческих книг Ветхого Завета; речь на Успение Пресвятой Богородицы, а также множество молитв. Автографами Матфея также являются парижская и лондонская рукописи. В Лондонском кодексе дошли нравственные главы, рассуждения о четырёх добродетелях, о смерти и посмертном воздаянии. Другая часть наследия Матфея – риторические произведения. В речи к Андронику II Палеологу (1282–1328 гг.), написанной после 1326 г. в благодарность за заботу, которую император проявил по отношению к Матфею, когда тот был болен, Матфей превозносил его дипломатические успехи и отмену Лионской унии 1274 г. Среди монодий Матфея – речи на смерть паракимомена Иоанна Хумна (около 1338 г.), одного из друзей Матфея 1321–1322 гг., митрополита Феолипта (1323 г.). Значительную часть наследия Матфея составляют труды о Гомере: «Краткое вступление с похвалой о Гомере» (частично издано под именем Никифора Григоры); частично сохранившееся «Краткое изложение странствий Одиссея по Гомеру» (издано под именем Никифора Григоры ), где каждый эпизод эпоса снабжён моральным комментарием для учеников; пространное сочинение «Странствия Одиссея», близкое по манере изложения к переложениям на народный язык XIV в. исторических трудов Анны Комнины и Никиты Хониата.