К началу 1950 гг. место погребения преподобного Макария осталось единственным в Костромской области, где верующие могли поклониться мощам святого. Однако в начале 1951 г. уполномоченный Совета по делам РПЦ по Костромской области М.И. Галкин предписал руководству Буйского района прекратить доступ верующих к мощам преподобного Макария Писемского, а также закрыть церковь. 8 августа 1951 г. в присутствии представителей Буйского райисполкома рабочие, как докладывал М.И. Галкин в Москву, «изолировали подход к могиле, а также и в церковь», т.е. наглухо заколотили входы и в подклет, и в храм. Часть икон из закрытой церкви перенесли в каменный храм. В 1950–1980 гг. Преображенская церковь Макариева погоста оставалась одним из немногих действующих храмов Буйского района. После кончины священника Павла Сигорского на погосте в течение 16 лет не было своего священника, или они служили недолго. Лишь в 1971 г. на Письму прибыл священник Михаил Беляев (1925–2009 гг.), уроженец Буйского района, ветеран Великой Отечественной войны, участник обороны Ленинграда, в 1949–1956 гг. по обвинению в «контрреволюционной агитации и пропаганде» находившийся в казахстанских и сибирских лагерях. В Макариевом погосте – приходском храме, а затем и монастыре – священник Михаил Беляев прослужил 38 лет. В июле 1990 г. из Макариевского храма был вывезен в Кострому иконостас начала XX в., который установили в возрождавшейся Ильинской церкви на Городище (середина XVII в.). В декабре того же года по благословению епископ Костромского и Галичского Александра (Могилёва) из Макариевского храма в Кострому в Воскресенский кафедральный собор была передана металлическая рака. В 1991 г. её перенесли в Богоявленско-Анастасиин собор. В конце 1993 г. по инициативе епископ Костромского и Галичского Александра (Могилёва) епархиальное собрание приняло решение о возрождении монастыря. 26 февраля 1994 г. по решению Синода РПЦ монастырь был возрождён как женский. 6 октября 1995 г. первой настоятельницей стала монахиня Ангелина (Травина), 31 октября 1996 г. возведённая в сан игуменьи. Протоиерей Михаил Беляев, ставший духовником обители, в 1996 г. принял монашество с оставлением имени, в 1997 г. был возведён в сан игумена, в 2005 г. – архимандрита. Похоронен у алтаря отремонтированной Преображенской церкви. 22 июня 2000 г. в Макариевом Писемском монастыре состоялись торжества в честь 600-летия со дня его основания. К 2016 г. в монастыре восстановлены деревянный Макариевский храм (1 ноября 1998 г. благочинный Буйского района протоиерей Аркадий Климов совершил малое освящение), а также колодец, по преданию выкопанный преподобным Макарием. 27 октября 2008 г. состоялся чин освящения отреставрированного иконостаса Преображенского храма. В обители построены двухэтажный сестринский корпус (освящён в ноябре 1999 г.), небольшой деревянный храм во имя князя Александра Невского и праведной Ангелины Сербской (2000 г.), несколько хозяйственных помещений.